Merge pull request #1 from jjc2718/add_optimizers

[ci skip]

This build is based on
3c54414.

This commit was created by the following CI build and job:
https://github.com/greenelab/jake_dissertation/commit/3c54414f867d8b2fbddc5390e79b2142dfb8fe29/checks
https://github.com/greenelab/jake_dissertation/actions/runs/6001912086

citations.tsv

@@ -1,9 +1,25 @@
 input_id	dealiased_id	standard_id	short_id
-doi:10.7554/eLife.32822	doi:10.7554/eLife.32822	doi:10.7554/elife.32822	IhliSZDo
-pmc:PMC6103790	pmc:PMC6103790	pmc:PMC6103790	mSMVRkoc
-pubmed:30718888	pubmed:30718888	pubmed:30718888	126Wi5Us4
-wikidata:Q56458321	wikidata:Q56458321	wikidata:Q56458321	QhC8yJ7V
-isbn:9780262517638	isbn:9780262517638	isbn:9780262517638	zBPP9YKu
-https://greenelab.github.io/meta-review/	https://greenelab.github.io/meta-review/	url:https://greenelab.github.io/meta-review/	1GGGHdsew
-deep-review	doi:10.1098/rsif.2017.0387	doi:10.1098/rsif.2017.0387	PZMP42Ak
+doi:10.1371/journal.pcbi.1009926	doi:10.1371/journal.pcbi.1009926	doi:10.1371/journal.pcbi.1009926	1CdDn310M
+doi:10.1093/bioinformatics/btaa150	doi:10.1093/bioinformatics/btaa150	doi:10.1093/bioinformatics/btaa150	bOvwnoRq
+doi:10.1200/JCO.2008.18.1370	doi:10.1200/JCO.2008.18.1370	doi:10.1200/jco.2008.18.1370	lnK82Ey6
+doi:10/bp4rtw	doi:10/bp4rtw	doi:10.1016/s0960-9776(09)70290-5	OW5P00JC
+url:https://jmlr.org/papers/v12/pedregosa11a.html	url:https://jmlr.org/papers/v12/pedregosa11a.html	url:https://jmlr.org/papers/v12/pedregosa11a.html	43wsMmMv
+url:https://www.jmlr.org/papers/v9/fan08a.html	url:https://www.jmlr.org/papers/v9/fan08a.html	url:https://www.jmlr.org/papers/v9/fan08a.html	Mm8xIDqq
+online-learning	online-learning	online-learning	x24AA6cY
+doi:10.1126/science.1235122	doi:10.1126/science.1235122	doi:10.1126/science.1235122	809OyWlC
+doi:10.1016/j.cels.2018.03.002	doi:10.1016/j.cels.2018.03.002	doi:10.1016/j.cels.2018.03.002	cDnF3a5Q
+doi:10.1186/gb-2011-12-4-r41	doi:10.1186/gb-2011-12-4-r41	doi:10.1186/gb-2011-12-4-r41	rDV1hhfF
+doi:10.1186/s13059-022-02705-y	doi:10.1186/s13059-022-02705-y	doi:10.1186/s13059-022-02705-y	cAxtCrBP
+doi:10.1111/j.2517-6161.1996.tb02080.x	doi:10.1111/j.2517-6161.1996.tb02080.x	doi:10.1111/j.2517-6161.1996.tb02080.x	kX2zf6UE
+doi:10.1016/j.celrep.2018.03.046	doi:10.1016/j.celrep.2018.03.046	doi:10.1016/j.celrep.2018.03.046	17XHtmqPY
+arxiv:2108.04552	arxiv:2108.04552	arxiv:2108.04552	kwgYU3iP
+arxiv:2003.06152	arxiv:2003.06152	arxiv:2003.06152	DIONdBGr
+url:http://proceedings.mlr.press/v134/zou21a.html	url:http://proceedings.mlr.press/v134/zou21a.html	url:http://proceedings.mlr.press/v134/zou21a.html	kajx4KkT
+doi:10.1145/3446776	doi:10.1145/3446776	doi:10.1145/3446776	1HdGWY10w
+doi:10.1073/pnas.1907378117	doi:10.1073/pnas.1907378117	doi:10.1073/pnas.1907378117	jhZXoLtp
+arxiv:1611.03530	arxiv:1611.03530	arxiv:1611.03530	1Cb94HrPD
+doi:10.18637/jss.v033.i01	doi:10.18637/jss.v033.i01	doi:10.18637/jss.v033.i01	10aVUDFmA
+doi:10.1101/2023.04.11.536431	doi:10.1101/2023.04.11.536431	doi:10.1101/2023.04.11.536431	lhYg2Yc3
+doi:10.1101/2020.02.21.959627	doi:10.1101/2020.02.21.959627	doi:10.1101/2020.02.21.959627	1CcaMqQZg
+doi:10.1038/ng.2764	doi:10.1038/ng.2764	doi:10.1038/ng.2764	AK17eOgD
 doi:10.1371/journal.pcbi.1007128	doi:10.1371/journal.pcbi.1007128	doi:10.1371/journal.pcbi.1007128	YuJbg3zO