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teachopencadd/talktorials/T001_查询ChEMBL/README.md

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+# T001 · 化合物数据获取 (ChEMBL)
+
+## 课程目标
+
+在此notebook中，我们将会学到更多有关CHEMBL数据库的知识，以及如何从CHEMBL数据库中提取数据,例如:特定靶点的(化合物，活性)数据对。这些数据集合可以用在很多化学信息学的下游任务中，如相似性搜索、聚类或机器学习中。
+
+我们的工作将包括寻找针对特定靶点进行测试的化合物，并筛选可用的生物活性数据。
+
+### *原理部分*
+
+* ChEMBL 数据库
+    * ChEMBL web services
+    * ChEMBL web resource client
+* 化合物活性衡量指标
+    * IC50 衡量
+    * pIC50 值
+
+### *实战部分*
+
+**目标: 针对特定靶点获取小分子的活性数据列表**
+
+* 连接ChEMBL数据库
+* 获取靶点数据(示例: EGFR激酶)
+    * 拉取并下载靶点数据
+    * 选择靶点ChEMBL ID
+* 获取活性数据
+    * 拉取并下载特定靶点的生物活性数据
+    * 预处理和筛选生物活性数据、
+* 获取化合物数据
+    * 拉取并下载化合物数据
+    * 预处理和过滤化合物数据
+* 输出 生物活性-化合物 数据
+    * 合并活性和化合物数据, 并添加pIC50值
+    * 画出pIC50值分布图
+    * 保持在ChEMBL 27 版本
+    * 保存结果到文件
+
+### 参考文献
+
+* ChEMBL bioactivity database: [Gaulton *et al.*, <i>Nucleic Acids Res.</i> (2017), 45(Database issue), D945–D954](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210557/)
+* ChEMBL web services: [Davies *et al.*, <i>Nucleic Acids Res.</i> (2015), <b>43</b>, 612-620](https://academic.oup.com/nar/article/43/W1/W612/2467881) 
+* [ChEMBL web-interface](https://www.ebi.ac.uk/chembl/)
+*  GitHub [ChEMBL web rescource client](https://github.com/chembl/chembl_webresource_client)
+* The EBI RDF platform: [Jupp *et al.*, <i>Bioinformatics </i> (2014), 30(9), 1338-9](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24413672)
+* Info on half maximal inhibitory concentration: [(p)IC50](https://en.wikipedia.org/wiki/IC50)
+* [UniProt website](https://www.uniprot.org/)