From e06ca52e98057a5a1cebb5defcf71495dcafe632 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mashehu Date: Tue, 15 Oct 2024 15:23:44 +0200 Subject: [PATCH 1/6] create: add toggle all shortcut --- nf_core/pipelines/create/__init__.py | 17 +++++++++++++---- 1 file changed, 13 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/nf_core/pipelines/create/__init__.py b/nf_core/pipelines/create/__init__.py index 26e4d2328..6a610cccc 100644 --- a/nf_core/pipelines/create/__init__.py +++ b/nf_core/pipelines/create/__init__.py @@ -1,14 +1,11 @@ """A Textual app to create a pipeline.""" import logging -from pathlib import Path import click -import yaml from textual.app import App -from textual.widgets import Button +from textual.widgets import Button, Switch -import nf_core from nf_core.pipelines.create import utils from nf_core.pipelines.create.basicdetails import BasicDetails from nf_core.pipelines.create.custompipeline import CustomPipeline @@ -46,6 +43,7 @@ class PipelineCreateApp(App[utils.CreateConfig]): BINDINGS = [ ("d", "toggle_dark", "Toggle dark mode"), ("q", "quit", "Quit"), + ("a", "toggle_all", "Toggle all"), ] SCREENS = { "welcome": WelcomeScreen(), @@ -105,3 +103,14 @@ def on_button_pressed(self, event: Button.Pressed) -> None: def action_toggle_dark(self) -> None: """An action to toggle dark mode.""" self.dark: bool = not self.dark + + def action_toggle_all(self) -> None: + """An action to toggle all Switches.""" + switches = self.query(Switch) + if not switches: + return # No Switches widgets found + # Determine the new state based on the first switch + new_state = not switches.first().value if switches.first() else True + for switch in switches: + switch.value = new_state + self.refresh() From 762be8059d034edb7a031ccf195667783fcb1f74 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: nf-core-bot Date: Tue, 15 Oct 2024 13:25:15 +0000 Subject: [PATCH 2/6] [automated] Update CHANGELOG.md --- CHANGELOG.md | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 1ceb2d632..a8a922777 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -15,6 +15,7 @@ ### General - Include .nf-core.yml in `nf-core pipelines bump-version` ([#3220](https://github.com/nf-core/tools/pull/3220)) +- create: add shortcut to toggle all switches ([#3226](https://github.com/nf-core/tools/pull/3226)) ## [v3.0.2 - Titanium Tapir Patch](https://github.com/nf-core/tools/releases/tag/3.0.2) - [2024-10-11] From 2b4ed85d80978e88a0fdcd8d6bbab5d8b33fa714 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mashehu Date: Tue, 15 Oct 2024 16:03:02 +0200 Subject: [PATCH 3/6] fix test path in update-textual-snapshots --- .../workflows/update-textual-snapshots.yml | 2 +- CONTRIBUTING.md | 2 +- nf_core/utils.py | 2 +- .../test_basic_details_custom.svg | 250 ++++++++--------- .../test_basic_details_nfcore.svg | 256 ++++++++--------- .../test_create_app/test_choose_type.svg | 246 ++++++++--------- .../test_customisation_help.svg | 258 ++++++++--------- .../test_create_app/test_final_details.svg | 246 ++++++++--------- .../test_create_app/test_github_details.svg | 260 +++++++++--------- .../test_github_exit_message.svg | 252 ++++++++--------- .../test_create_app/test_github_question.svg | 238 ++++++++-------- .../test_create_app/test_type_custom.svg | 254 ++++++++--------- .../test_create_app/test_type_nfcore.svg | 252 ++++++++--------- .../test_type_nfcore_validation.svg | 254 ++++++++--------- .../test_create_app/test_welcome.svg | 250 ++++++++--------- 15 files changed, 1511 insertions(+), 1511 deletions(-) diff --git a/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml b/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml index fb936762f..2adb1b8d8 100644 --- a/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml +++ b/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml @@ -46,7 +46,7 @@ jobs: - name: Run pytest to update snapshots id: pytest run: | - python3 -m pytest tests/test_create_app.py --snapshot-update --color=yes --durations=0 + python3 -m pytest tests/pipelines/test_create_app.py --snapshot-update --color=yes --durations=0 continue-on-error: true # indication that the run has finished diff --git a/CONTRIBUTING.md b/CONTRIBUTING.md index f9773296c..ce3635433 100644 --- a/CONTRIBUTING.md +++ b/CONTRIBUTING.md @@ -153,7 +153,7 @@ Optionally followed by the description that you want to add to the changelog. - Update Textual snapshots: -If the Textual snapshots (run by `tests/test_crate_app.py`) fail, an HTML report is generated and uploaded as an artifact. +If the Textual snapshots (run by `tests/pipelines/test_crate_app.py`) fail, an HTML report is generated and uploaded as an artifact. If you are sure that these changes are correct, you can automatically update the snapshots form the PR by posting a comment with the magic words: ``` diff --git a/nf_core/utils.py b/nf_core/utils.py index 068da22de..87dd307e7 100644 --- a/nf_core/utils.py +++ b/nf_core/utils.py @@ -323,7 +323,7 @@ def fetch_wf_config(wf_path: Path, cache_config: bool = True) -> dict: # If we can, save a cached copy # HINT: during testing phase (in test_download, for example) we don't want - # to save configuration copy in $HOME, otherwise the tests/test_download.py::DownloadTest::test_wf_use_local_configs + # to save configuration copy in $HOME, otherwise the tests/pipelines/test_download.py::DownloadTest::test_wf_use_local_configs # will fail after the first attempt. It's better to not save temporary data # in others folders than tmp when doing tests in general if cache_path and cache_config: diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg index 0e1682290..f327dac79 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg @@ -19,253 +19,253 @@ font-weight: 700; } - .terminal-1305977867-matrix { + .terminal-1837969819-matrix { font-family: Fira Code, monospace; font-size: 20px; line-height: 24.4px; font-variant-east-asian: full-width; } - .terminal-1305977867-title { + .terminal-1837969819-title { font-size: 18px; font-weight: bold; font-family: arial; } - .terminal-1305977867-r1 { fill: #c5c8c6 } -.terminal-1305977867-r2 { fill: #e3e3e3 } -.terminal-1305977867-r3 { fill: #989898 } -.terminal-1305977867-r4 { fill: #e1e1e1 } -.terminal-1305977867-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r6 { fill: #a5a5a5;font-style: italic; } -.terminal-1305977867-r7 { fill: #1e1e1e } -.terminal-1305977867-r8 { fill: #008139 } -.terminal-1305977867-r9 { fill: #121212 } -.terminal-1305977867-r10 { fill: #e2e2e2 } -.terminal-1305977867-r11 { fill: #787878 } -.terminal-1305977867-r12 { fill: #454a50 } -.terminal-1305977867-r13 { fill: #7ae998 } -.terminal-1305977867-r14 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r15 { fill: #0a180e;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r16 { fill: #000000 } -.terminal-1305977867-r17 { fill: #fea62b;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r18 { fill: #a7a9ab } -.terminal-1305977867-r19 { fill: #e2e3e3 } + .terminal-1837969819-r1 { fill: #c5c8c6 } +.terminal-1837969819-r2 { fill: #e3e3e3 } +.terminal-1837969819-r3 { fill: #989898 } +.terminal-1837969819-r4 { fill: #e1e1e1 } +.terminal-1837969819-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r6 { fill: #a5a5a5;font-style: italic; } +.terminal-1837969819-r7 { fill: #1e1e1e } +.terminal-1837969819-r8 { fill: #008139 } +.terminal-1837969819-r9 { fill: #121212 } +.terminal-1837969819-r10 { fill: #e2e2e2 } +.terminal-1837969819-r11 { fill: #787878 } +.terminal-1837969819-r12 { fill: #454a50 } +.terminal-1837969819-r13 { fill: #7ae998 } +.terminal-1837969819-r14 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r15 { fill: #0a180e;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r16 { fill: #000000 } +.terminal-1837969819-r17 { fill: #fea62b;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r18 { fill: #a7a9ab } +.terminal-1837969819-r19 { fill: #e2e3e3 } - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - nf-core pipelines create + nf-core pipelines create - - - - ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… - - -Basic details - - - - -GitHub organisationWorkflow name - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ -▊nf-core▎▊Pipeline Name▎ -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ - - - -A short description of your pipeline. - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ -▊Description▎ -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ - - - -Name of the main author / authors - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ -▊Author(s)▎ -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Next  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Basic details + + + + +GitHub organisationWorkflow name + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊nf-core▎▊Pipeline Name▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + + + +A short description of your pipeline. + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊Description▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + + + +Name of the main author / authors + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊Author(s)▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Next  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg index 02f4fc213..6a4e42413 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg @@ -19,256 +19,256 @@ font-weight: 700; } - .terminal-667641811-matrix { + .terminal-2735207764-matrix { font-family: Fira Code, monospace; font-size: 20px; line-height: 24.4px; font-variant-east-asian: full-width; } - .terminal-667641811-title { + .terminal-2735207764-title { font-size: 18px; font-weight: bold; font-family: arial; } - .terminal-667641811-r1 { fill: #c5c8c6 } -.terminal-667641811-r2 { fill: #e3e3e3 } -.terminal-667641811-r3 { fill: #989898 } -.terminal-667641811-r4 { fill: #e1e1e1 } -.terminal-667641811-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } -.terminal-667641811-r6 { fill: #a5a5a5;font-style: italic; } -.terminal-667641811-r7 { fill: #1e1e1e } -.terminal-667641811-r8 { fill: #0f4e2a } -.terminal-667641811-r9 { fill: #0178d4 } -.terminal-667641811-r10 { fill: #a7a7a7 } -.terminal-667641811-r11 { fill: #787878 } -.terminal-667641811-r12 { fill: #e2e2e2 } -.terminal-667641811-r13 { fill: #121212 } -.terminal-667641811-r14 { fill: #454a50 } -.terminal-667641811-r15 { fill: #7ae998 } -.terminal-667641811-r16 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } -.terminal-667641811-r17 { fill: #0a180e;font-weight: bold } -.terminal-667641811-r18 { fill: #000000 } -.terminal-667641811-r19 { fill: #008139 } -.terminal-667641811-r20 { fill: #fea62b;font-weight: bold } -.terminal-667641811-r21 { fill: #a7a9ab } -.terminal-667641811-r22 { fill: #e2e3e3 } + .terminal-2735207764-r1 { fill: #c5c8c6 } +.terminal-2735207764-r2 { fill: #e3e3e3 } +.terminal-2735207764-r3 { fill: #989898 } +.terminal-2735207764-r4 { fill: #e1e1e1 } +.terminal-2735207764-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } +.terminal-2735207764-r6 { fill: #a5a5a5;font-style: italic; } +.terminal-2735207764-r7 { fill: #1e1e1e } +.terminal-2735207764-r8 { fill: #0f4e2a } +.terminal-2735207764-r9 { fill: #0178d4 } +.terminal-2735207764-r10 { fill: #a7a7a7 } +.terminal-2735207764-r11 { fill: #787878 } +.terminal-2735207764-r12 { fill: #e2e2e2 } +.terminal-2735207764-r13 { fill: #121212 } +.terminal-2735207764-r14 { fill: #454a50 } +.terminal-2735207764-r15 { fill: #7ae998 } +.terminal-2735207764-r16 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } +.terminal-2735207764-r17 { fill: #0a180e;font-weight: bold } +.terminal-2735207764-r18 { fill: #000000 } +.terminal-2735207764-r19 { fill: #008139 } +.terminal-2735207764-r20 { fill: #fea62b;font-weight: bold } +.terminal-2735207764-r21 { fill: #a7a9ab } +.terminal-2735207764-r22 { fill: #e2e3e3 } - 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-By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  -specifying the paths to these files. - -The required code to use these files will also be included in the template.  -When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will -automatically download the required reference files. -▅▅ -For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  - - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -▊▎        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ -include GitHub badges - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Continue  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Template features + + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Use a GitHub Create a GitHub  Show help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎        repository.repository for the ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +pipeline. + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Add Github CI testsThe pipeline will  Show help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎include several GitHub▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +actions for Continuous +Integration (CI)  +testing▄▄ + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Use reference genomesThe pipeline will be  Hide help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎configured to use a ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +copy of the most  +common reference  +genome files from  +iGenomes + + +Nf-core pipelines are configured to use a copy of the most common reference  +genome files. + +By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  +specifying the paths to these files. + +The required code to use these files will also be included in the template.  +When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will +automatically download the required reference files. +▅▅ +For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  + + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +include GitHub badges + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Continue  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg index b34483176..74c232f74 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg @@ -19,251 +19,251 @@ font-weight: 700; } - 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- -▌⚠️ You can't create a repository directly in the nf-core organisation. -▌Please create the pipeline repo to an organisation where you have access or use your user  -▌account. A core-team member will be able to transfer the repo to nf-core once the development -▌has started. - -▌💡 Your GitHub user account will be used by default if nf-core is given as the org name. - - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎Private -▊▎Select to make the new GitHub repo private. -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎ -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Create GitHub repo  Finish without creating a repo  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Create GitHub repository + +  Now that we have created a new pipeline locally, we can create a new GitHub repository and push    +  the code to it. + + + + +Your GitHub usernameYour GitHub personal access token▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +for login. Show  +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +▊GitHub username▎▊••••••••••••                  ▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + + + +The name of the organisation where the The name of the new GitHub repository +GitHub repo will be cretaed +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊nf-core                               ▎▊mypipeline                            ▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + + +▌⚠️ You can't create a repository directly in the nf-core organisation. +▌Please create the pipeline repo to an organisation where you have access or use your user  +▌account. A core-team member will be able to transfer the repo to nf-core once the development +▌has started. + +▌💡 Your GitHub user account will be used by default if nf-core is given as the org name. + + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎Private +▊▎Select to make the new GitHub repo private. +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Create GitHub repo  Finish without creating a repo  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg index f840f8849..1be8c63f1 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg @@ -19,254 +19,254 @@ font-weight: 700; } - 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- -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Let's go!  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + +                                          ,--./,-. +          ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\  +    |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  { +    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-, +                                          `._,._,' + + + +Welcome to the nf-core pipeline creation wizard + +  This app will help you create a new Nextflow pipeline from the nf-core/tools pipeline template. + +  The template helps anyone benefit from nf-core best practices, and is a requirement for nf-core    +  pipelines. + +▌💡 If you want to add a pipeline to nf-core, please join on Slack and discuss your plans with +▌the community as early as possible; ideally before you start on your pipeline! See the  +▌nf-core guidelines and the #new-pipelines Slack channel for more information. + + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Let's go!  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  From 3d673864958b799117f42a0f7ee9c60b581855d8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mashehu Date: Tue, 15 Oct 2024 16:55:08 +0200 Subject: [PATCH 4/6] add toggle all switch --- nf_core/pipelines/create/custompipeline.py | 18 ++++++++++++++++-- 1 file changed, 16 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/nf_core/pipelines/create/custompipeline.py b/nf_core/pipelines/create/custompipeline.py index 5debcfee7..e433db41e 100644 --- a/nf_core/pipelines/create/custompipeline.py +++ b/nf_core/pipelines/create/custompipeline.py @@ -2,9 +2,9 @@ from textual import on from textual.app import ComposeResult -from textual.containers import Center, ScrollableContainer +from textual.containers import Center, Horizontal, ScrollableContainer from textual.screen import Screen -from textual.widgets import Button, Footer, Header, Markdown, Switch +from textual.widgets import Button, Footer, Header, Markdown, Static, Switch from nf_core.pipelines.create.utils import PipelineFeature @@ -22,7 +22,13 @@ def compose(self) -> ComposeResult: """ ) ) + yield Horizontal( + Switch(id="toggle_all", value=True), + Static("Toggle all features", classes="feature_title"), + classes="custom_grid", + ) yield ScrollableContainer(id="features") + yield Center( Button("Back", id="back", variant="default"), Button("Continue", id="continue", variant="success"), @@ -35,6 +41,7 @@ def on_mount(self) -> None: self.query_one("#features").mount( PipelineFeature(feature["help_text"], feature["short_description"], feature["description"], name) ) + self.query_one("#toggle_all", Switch).value = True @on(Button.Pressed, "#continue") def on_button_pressed(self, event: Button.Pressed) -> None: @@ -45,3 +52,10 @@ def on_button_pressed(self, event: Button.Pressed) -> None: if not this_switch.value: skip.append(this_switch.id) self.parent.TEMPLATE_CONFIG.__dict__.update({"skip_features": skip, "is_nfcore": False}) + + @on(Switch.Changed, "#toggle_all") + def on_toggle_all(self, event: Switch.Changed) -> None: + """Handle toggling all switches.""" + new_state = event.value + for feature in self.query("PipelineFeature"): + feature.query_one(Switch).value = new_state From 27c5e3b201c14d2e55e1b455d0909bd783ca8516 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mashehu Date: Tue, 15 Oct 2024 16:57:09 +0200 Subject: [PATCH 5/6] update snapshots --- .../test_customisation_help.svg | 258 +++++++++--------- .../test_create_app/test_type_custom.svg | 255 ++++++++--------- .../test_type_nfcore_validation.svg | 255 ++++++++--------- 3 files changed, 385 insertions(+), 383 deletions(-) diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg index f86647d78..07ab592d2 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg @@ -19,257 +19,257 @@ font-weight: 700; } - .terminal-1327302158-matrix { + .terminal-3477423502-matrix { font-family: Fira Code, monospace; font-size: 20px; line-height: 24.4px; font-variant-east-asian: full-width; } - .terminal-1327302158-title { + .terminal-3477423502-title { font-size: 18px; font-weight: bold; font-family: arial; } - .terminal-1327302158-r1 { fill: #c5c8c6 } -.terminal-1327302158-r2 { fill: #e3e3e3 } -.terminal-1327302158-r3 { fill: #989898 } -.terminal-1327302158-r4 { fill: #e1e1e1 } -.terminal-1327302158-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } -.terminal-1327302158-r6 { fill: #1e1e1e } -.terminal-1327302158-r7 { fill: #507bb3 } -.terminal-1327302158-r8 { fill: #e2e2e2 } -.terminal-1327302158-r9 { fill: #808080 } -.terminal-1327302158-r10 { fill: #dde6ed;font-weight: bold } -.terminal-1327302158-r11 { fill: #001541 } -.terminal-1327302158-r12 { fill: #14191f } -.terminal-1327302158-r13 { fill: #0178d4 } -.terminal-1327302158-r14 { fill: #454a50 } -.terminal-1327302158-r15 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } -.terminal-1327302158-r16 { fill: #000000 } -.terminal-1327302158-r17 { fill: #e4e4e4 } -.terminal-1327302158-r18 { fill: #7ae998 } -.terminal-1327302158-r19 { fill: #0a180e;font-weight: bold } -.terminal-1327302158-r20 { fill: #008139 } -.terminal-1327302158-r21 { fill: #fea62b;font-weight: bold } -.terminal-1327302158-r22 { fill: #a7a9ab } -.terminal-1327302158-r23 { fill: #e2e3e3 } + .terminal-3477423502-r1 { fill: #c5c8c6 } +.terminal-3477423502-r2 { fill: #e3e3e3 } +.terminal-3477423502-r3 { fill: #989898 } +.terminal-3477423502-r4 { fill: #e1e1e1 } +.terminal-3477423502-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } +.terminal-3477423502-r6 { fill: #1e1e1e } +.terminal-3477423502-r7 { fill: #e2e2e2 } +.terminal-3477423502-r8 { fill: #507bb3 } +.terminal-3477423502-r9 { fill: #808080 } +.terminal-3477423502-r10 { fill: #dde6ed;font-weight: bold } +.terminal-3477423502-r11 { fill: #001541 } +.terminal-3477423502-r12 { fill: #0178d4 } +.terminal-3477423502-r13 { fill: #454a50 } +.terminal-3477423502-r14 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } +.terminal-3477423502-r15 { fill: #000000 } +.terminal-3477423502-r16 { fill: #e4e4e4 } +.terminal-3477423502-r17 { fill: #14191f } +.terminal-3477423502-r18 { fill: #7ae998 } +.terminal-3477423502-r19 { fill: #0a180e;font-weight: bold } +.terminal-3477423502-r20 { fill: #008139 } +.terminal-3477423502-r21 { fill: #fea62b;font-weight: bold } +.terminal-3477423502-r22 { fill: #a7a9ab } +.terminal-3477423502-r23 { fill: #e2e3e3 } - 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-By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  -specifying the paths to these files. - -The required code to use these files will also be included in the template.  -When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will -automatically download the required reference files. -▅▅ -For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  - - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -▊▎        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ -include GitHub badges - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Continue  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Template features + + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊▎        Toggle all features +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Use a GitHub Create a GitHub  Show help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎        repository.repository for the ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +pipeline. + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Add Github CI testsThe pipeline will  Show help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎include several GitHub▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +actions for Continuous +Integration (CI)  +testing + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Use reference genomesThe pipeline will be  Hide help  +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎configured to use a ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +copy of the most  +common reference  +genome files from  +iGenomes + + +Nf-core pipelines are configured to use a copy of the most common reference  +genome files. + +By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  +specifying the paths to these files. + +The required code to use these files will also be included in the template.  +When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will +automatically download the required reference files. +▅▅ +For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  + + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +▊▎        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Continue  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg index c8537c6d1..cff030915 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg @@ -19,255 +19,256 @@ font-weight: 700; } - 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- - -Name of the main author / authors - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ -▊Author(s)▎ -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ -Value error, Cannot be left empty. - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Next  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Basic details + + + + +GitHub organisationWorkflow name + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊nf-core                                   ▎▊Pipeline Name▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +Value error, Must be lowercase without  +punctuation. + + + +A short description of your pipeline. + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊Description▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +Value error, Cannot be left empty. + + + +Name of the main author / authors + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊Author(s)▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +Value error, Cannot be left empty. + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Next  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  From 8379afd14ea4d66565a14f8873303fbfdc57d59c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Matthias=20H=C3=B6rtenhuber?= Date: Tue, 15 Oct 2024 15:35:23 +0000 Subject: [PATCH 6/6] update snapshots --- .../test_type_nfcore_validation.svg | 255 +++++++++--------- 1 file changed, 127 insertions(+), 128 deletions(-) diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg index f99e463b3..fd6f2532c 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg @@ -19,256 +19,255 @@ font-weight: 700; } - 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- - -Name of the main author / authors - -▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ -▊Author(s)▎ -▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ -Value error, Cannot be left empty. - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Next  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  + + + + ⭘nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Basic details + + + + +GitHub organisationWorkflow name + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊nf-core                                   ▎▊Pipeline Name▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +Value error, Must be lowercase without  +punctuation. + + + +A short description of your pipeline. + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊Description▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +Value error, Cannot be left empty. + + + +Name of the main author / authors + +▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ +▊Author(s)▎ +▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ +Value error, Cannot be left empty. + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Next  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all