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shika-ja.md

File metadata and controls

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SHIKAマニュアル for BL32XU/BL41XU

SHIKAは何をするソフトか

  • BSSのDiffraction scanによって得られたイメージからスポットを拾い、結晶の位置を決めるためのプログラム (Spot wo Hirotte Ichiwo Kimeru Application)
  • DISTL (Sauter et al. 2013)をベースに開発中（XDSも使用可能）
  • 2016AからEIGER対応に伴い，ZMQを用いたCheetah (Barty et al. 2014)によるヒットファインドに切り替わり，GUIは表示機能のみになりました．詳細はこちらの記事を参照．
  • レポートを.html形式で保存（持ち帰った後で確認する用）
  • KUMAとの連携あり（位置をKUMAに転送）

起動方法

結果を見たいディレクトリの上位ディレクトリへ移動し，

  • BL32XUで実行する場合: shika32xu
  • BL41XUで実行する場合: shika41xu

をビームラインローカルで実行してください．サブディレクトリを含む最新の結果が表示されます（ツリーも表示されます）．

ただしscanと同じディレクトリで起動しないでください（バグ）． ホームディレクトリで実行しても大丈夫です．

結果の見方

Show plotを押すと，スキャンしたエリアにマップしたスコアが表示できます． 評価の方法は以下の3通りがありますが，多くの場合，n_spotsが最も良い指標になります．

  • total_integrated_signal = 全スポットの合計強度
  • median_integrated_signal = 全スポット強度の中央値
  • n_spots = スポットの数

スキャンしたポイントをクリックすると，メイン画面に回折イメージが表示できます

SHIKA plot window

adxvでの表示、KUMAとの連携

  • イメージをダブルクリックすると，adxvが起動します． 毎回閉じる必要はなく，他のイメージをダブルクリックするとそのイメージがロードされます．
  • 右クリックして"Let KUMA know"を選ぶとダイアログが表示され，コメントを入力してOKを押すと、KUMAに座標を追加します。 （自動的に移動はしません）
  • "Let KUMA know (quick)"は，KUMAに即座に座標を追加します（コメントにはファイル名が使用されます）

to-KUMA function

レポートHTMLについて

  • 持ち帰って見ていただくのレポートが、_spotfinder/report.htmlに保存されています。
  • Firefoxでしかテストを行っていません。ご了承ください。
  • イメージが多いときに重くなる問題を解消しました。
  • SHIKAと同様、クリックすると下に回折写真が表示されます。

to-KUMA function

SPring-8外で使いたい場合

持ち帰ったデータに対してGUIを立ち上げて結果を見たい場合，以下の手順を実行してください．

インストール

KAMOが導入されていれば僅かな変更で使用可能です． （準備中）

SHIKAの実行

結果を見たいスキャンよりも上のディレクトリで，

yamtbx.shika readonly=true

を実行してください．

バージョン履歴

  • 2013-10-09 名前がSHIKAに決まる
  • 2013-10-10 水平スキャンの場合の方向間違いバグを修正
  • 2013-10-16 スポット表示基準の切り替えを高速に。I vs resolutionのプロットを追加(デバッグ用）
  • 2013-10-24 “Watch this directory”機能を追加
  • 2013-10-26 別スレッドを利用したスムーズな結果更新
  • 2013-10-27 大量のイメージが表示される場合に重くなる問題に対処（一度に読まない）
  • 2013-11-07 XDSを利用したスポット拾い機能を追加(SHIKA-X)。プロット画面でのゴニオ角度とファイル名の表示。
  • 2013-11-08 ディレクトリの切り替え機能を追加（いちいち立ち上げ直さなくて良くなった）
  • 2013-11-10 スポット拾いの結果を_spotfinder/result.pklとして保存
  • 2013-11-13 adxvとの連携を追加
  • 2013-11-14 XDSを利用する際、DEFPIXを実行してbeam stop shadowを除くようにした。KUMAとの連携を追加。
  • 2013-11-19 ユーザ持ち帰り用のレポートファイルを_spotfinder/report.htmlとして出力。Canvas使用（重い）。プロットのクリックも可能。
  • 2013-11-26 コントロール画面をメイン画面に統合。ビームセンターの表示がずれていた問題を修正。
  • 2013-12-16 SHIKA-XをRAMドライブ上で実行するように変更(x2 speed up)。
  • 2014-02-05 spot type表示/切替が不完全だったバグを修正
  • 2014-04-15 shutterless diffraction scanに対応
  • 2014-04-16 画像変換を自前実装＋jpeg出力に変更(かなり高速化)
  • 2014-05-06 メイン画面を刷新。回折写真は1つのみ表示。イメージ・スキャンの詳細の表示。大量イメージ処理時にGUIが重くなる問題を修正。
  • 2014-05-09 BL/検出器ごとのデフォルト設定変更を可能にし、設定画面を別ウィンドウに。跡地にディレクトリのツリーを表示。
  • 2014-05-13 BL41XUに対応
  • 2014-05-15 HTML reportを軽量化
  • 2014-05-16 イメージをキーボード/ボタンで前後に送れるようにした
  • 2015-04-10 Auto-select機能を搭載
  • 2015-07-01 auto_modeを追加
  • 2015-07-06 PPU上で実行するモードの追加
  • 2016-04-07 BackendとGUIの切り離し． Cheetah利用(外部)へ切り替え
  • 2019-04-13 Pilatus対応