From c2d738fab3611a0a8bee153fc1d027a5a06eca36 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Alberto Casagrande Date: Tue, 23 Apr 2024 19:24:06 +0200 Subject: [PATCH] Version 0.6.3 (commit @caravagnalab/0c313f07f3b7d8bbf0b6c027f766e49126128e78 ) --- apple-touch-icon-120x120.png | Bin 16355 -> 16355 bytes apple-touch-icon-152x152.png | Bin 21795 -> 21795 bytes apple-touch-icon-180x180.png | Bin 26855 -> 26855 bytes apple-touch-icon-60x60.png | Bin 6569 -> 6569 bytes apple-touch-icon-76x76.png | Bin 9070 -> 9070 bytes apple-touch-icon.png | Bin 26855 -> 26855 bytes articles/mutations.html | 18 +- articles/sampling.html | 30 +- articles/sequencing.html | 661 +++++++++--------- articles/tissue_simulation.html | 85 ++- favicon-16x16.png | Bin 1353 -> 1353 bytes favicon-32x32.png | Bin 2762 -> 2762 bytes pkgdown.yml | 2 +- .../MutationEngine-cash-place_mutations.html | 2 +- reference/SamplesForest-cash-get_sticks.html | 2 +- reference/Simulation-cash-get_name.html | 2 +- reference/Simulation-cash-run_until.html | 2 +- reference/annotate_forest.html | 20 +- reference/bbox_sampler-1.png | Bin 39712 -> 40722 bytes reference/build_mutation_engine.html | 4 +- reference/plot_exposure_timeline.html | 2 +- reference/plot_firings-1.png | Bin 93662 -> 94727 bytes reference/plot_state-1.png | Bin 33436 -> 34348 bytes reference/plot_timeseries-1.png | Bin 70596 -> 71034 bytes reference/plot_tissue-1.png | Bin 44502 -> 45428 bytes search.json | 2 +- 26 files changed, 423 insertions(+), 409 deletions(-) diff --git a/apple-touch-icon-120x120.png b/apple-touch-icon-120x120.png index bcbc9b835dd418c136dbdecb60121eeeac581fe4..3f2254bb4fd7a5626ae9fa5214a80888e37036f3 100644 GIT binary patch delta 93 zcmaD{|G0ia6^FPWr?8vo$;ypQYwcW(Lk!KW3@oh-Ewv2{tPBhoe}(oiFfgc=xJHzu jB$lLF<>sekrd2W+85o)98kp!Bp=&5u{?=e}iG4l*Y55#j delta 93 zcmaD{|G0ia6^9rnlQ4fqtNg~MwRWyXAqJLK21Ztfmf8jeRt5$JvoGl|Ffgc=xJHzu jB$lLF<>sekrd2W+85o)98kp!Bp=)qFmNj8=iG4l*G;AAk diff --git a/apple-touch-icon-152x152.png b/apple-touch-icon-152x152.png index c5ae05b7adc287d5e11e0a9df09cc02f02eb3cbe..9512ec898c748653ad0e65db45f5e685d7baf859 100644 GIT binary patch delta 95 zcmZ3yigEEO#tBs%;)0waHwt5JZESiQ>}nihXl`X-X=P-fZD3$!U?BBYd=CQygKCLu mL`h0wNvc(DeoAIqC4-THk%_K>iLMd4hU^XN876ND$p-+u5*}nKZU}&tR{Ha2Zc7cmYoG`BLav@$Z(HZZUet2LN6H7is_i delta 71 zcmaEUk@5LO#tBs%Vw_AO6L|#oY;4+?E@Bj7U}R diff --git a/apple-touch-icon-60x60.png b/apple-touch-icon-60x60.png index 80e4bd6fd3c4eedc4ad288d51ce639f51e8f3779..fa36cf59c68aa67dcac0a779c7ed1061739c0502 100644 GIT binary patch delta 69 zcmZ2!ywZ3=6^FPWr@(!g8HYDE6-$U1hZve$8CY5wnrRytSQ!|6-=vy4nNw00L!#~d K+?$iFB=Z61lodSy delta 69 zcmZ2!ywZ3=6^9rnlioOER;lyLk!KW3@oh-&9w~-tPBhSkLq2Vd`?LgLqcK3 KwA{)6mGS}ilNEOW delta 69 zcmaFo_ReiW6^9rnlTbze*3OMh7D^&UAqJLK21Ztf7TN{|Rt5&s-rSrq`J9q0hQ#xY Li7J!-E9CyJ&Ll#5g MkN!T*$rTy-09{HJz5oCK delta 71 zcmaEUk@5LO#tBs%Vw_B(&$tz|Ha2Zc7cmMku(UETvNAH%HZZUSetting Up Mutation Engine#> Building context index... #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Processing chr. 22 + [████████████████████--------------------] 49% [00m:01s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 89% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index @@ -215,8 +215,8 @@

Context Index Sampling#> Building context index... #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:02s] Processing chr. 22 + [████████████████████--------------------] 49% [00m:01s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 89% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index @@ -278,8 +278,8 @@

Customizing MutationEng #> Building context index... #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:02s] Processing chr. 22 + [████████████████████--------------------] 49% [00m:01s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 89% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index @@ -815,8 +815,8 @@

Infinite Sites Modelphylo_forest2 <- m_engine$place_mutations(samples_forest, 1000) #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations - [████████████████████████----------------] 58% [00m:01s] Placing mutations - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:02s] Placing mutations + [██████████████████████████--------------] 63% [00m:01s] Placing mutations + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:02s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Mutations placed # test whether the infinite sites conditions hold @@ -840,7 +840,7 @@

Storing Phylogenetic Forestsloaded_phylo_forest <- load_phylogenetic_forest("phylo_forest.sff") #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest - [██████████████████████████████████------] 83% [00m:01s] Loading forest + [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:01s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] Forest loaded loaded_phylo_forest diff --git a/articles/sampling.html b/articles/sampling.html index 71595271..5b98ed94 100644 --- a/articles/sampling.html +++ b/articles/sampling.html @@ -288,7 +288,7 @@

Randomised multi-region samples sim$run_up_to_size("B", 10000) #> - [████████████████------------------------] 38% [00m:00s] Cells: 153638 + [█████████-------------------------------] 21% [00m:00s] Cells: 144065 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot current <- plot_tissue(sim) @@ -406,21 +406,19 @@

Two populations with epigenetic s # let it grow more time units sim$run_up_to_time(sim$get_clock() + 25) #> - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:00s] Cells: 77790 - [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:01s] Cells: 130564 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:02s] Cells: 183607 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:03s] Cells: 221286 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:04s] Cells: 258322 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:05s] Cells: 290429 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:06s] Cells: 318415 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:07s] Cells: 347523 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:08s] Cells: 372459 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:09s] Cells: 392048 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:10s] Cells: 410856 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:11s] Cells: 431625 - [████████████████████████████████████████] 100% [00m:11s] Saving snapshot - -plot_tissue(sim, num_of_bins = 500) + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:00s] Cells: 118617 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:00s] Cells: 185402 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:01s] Cells: 238786 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:02s] Cells: 280084 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:03s] Cells: 317117 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:04s] Cells: 349606 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:05s] Cells: 380476 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:06s] Cells: 406606 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:07s] Cells: 428931 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:08s] Cells: 449211 + [████████████████████████████████████████] 100% [00m:09s] Saving snapshot + +plot_tissue(sim, num_of_bins = 500)

Sample again and plot the tissue

diff --git a/articles/sequencing.html b/articles/sequencing.html
index 64fa28cf..1837b35f 100644
--- a/articles/sequencing.html
+++ b/articles/sequencing.html
@@ -105,7 +105,7 @@ 

Sequencing Simulationphylo_forest <- load_phylogenetic_forest("phylo_forest.sff") #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest - [████████████████████████████████████----] 89% [00m:01s] Loading forest + [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:01s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] Forest loaded phylo_forest @@ -127,83 +127,82 @@

Sequencing Simulation#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 - [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 + [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 - [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 - [███-------------------------------------] 5% [00m:02s] Processing chr. 22 - [████------------------------------------] 9% [00m:03s] Processing chr. 22 - [██████----------------------------------] 13% [00m:04s] Processing chr. 22 - [███████---------------------------------] 17% [00m:05s] Processing chr. 22 - [█████████-------------------------------] 22% [00m:06s] Processing chr. 22 - [███████████-----------------------------] 26% [00m:07s] Processing chr. 22 - [█████████████---------------------------] 30% [00m:08s] Processing chr. 22 - [██████████████--------------------------] 34% [00m:09s] Processing chr. 22 - [████████████████------------------------] 38% [00m:10s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 42% [00m:11s] Processing chr. 22 - [███████████████████---------------------] 45% [00m:12s] Processing chr. 22 - [████████████████████--------------------] 49% [00m:13s] Processing chr. 22 - [██████████████████████------------------] 52% [00m:14s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 56% [00m:15s] Processing chr. 22 - [████████████████████████----------------] 58% [00m:16s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████--------------] 63% [00m:17s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 66% [00m:18s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 70% [00m:19s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████----------] 73% [00m:20s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 76% [00m:21s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:22s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████------] 84% [00m:23s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████----] 88% [00m:24s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:25s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:26s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:27s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:28s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:29s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:30s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 100% [00m:35s] Read simulated - -# let us load the dplyr library to filter the `simulate_seq` output -library(dplyr) -#> -#> Attaching package: 'dplyr' -#> The following objects are masked from 'package:stats': -#> -#> filter, lag -#> The following objects are masked from 'package:base': -#> -#> intersect, setdiff, setequal, union - -seq_results %>% head -#> chr chr_pos ref alt causes classes S_1_1.occurrences S_1_1.coverage -#> 1 22 10510210 N C A driver 1 2 -#> 2 22 12028576 N G B driver 0 2 -#> 3 22 16051493 G A <NA> germinal 2 3 -#> 4 22 16052080 G A <NA> germinal 2 3 -#> 5 22 16053659 A C <NA> germinal 3 3 -#> 6 22 16053863 G A <NA> germinal 1 2 -#> S_1_1.VAF S_1_2.occurrences S_1_2.coverage S_1_2.VAF S_2_1.occurrences -#> 1 0.5000000 2 6 0.3333333 0 -#> 2 0.0000000 0 4 0.0000000 3 -#> 3 0.6666667 0 1 0.0000000 2 -#> 4 0.6666667 2 4 0.5000000 3 -#> 5 1.0000000 5 5 1.0000000 1 -#> 6 0.5000000 0 2 0.0000000 2 -#> S_2_1.coverage S_2_1.VAF S_2_2.occurrences S_2_2.coverage S_2_2.VAF -#> 1 3 0.00 1 3 0.3333333 -#> 2 3 1.00 0 1 0.0000000 -#> 3 5 0.40 0 1 0.0000000 -#> 4 4 0.75 1 1 1.0000000 -#> 5 1 1.00 3 3 1.0000000 -#> 6 2 1.00 1 2 0.5000000 -#> normal_sample.occurrences normal_sample.coverage normal_sample.VAF -#> 1 0 1 0.0 -#> 2 0 2 0.0 -#> 3 2 4 0.5 -#> 4 1 2 0.5 -#> 5 2 2 1.0 -#> 6 3 3 1.0

+ [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 + [███-------------------------------------] 5% [00m:03s] Processing chr. 22 + [████------------------------------------] 9% [00m:04s] Processing chr. 22 + [██████----------------------------------] 13% [00m:05s] Processing chr. 22 + [███████---------------------------------] 17% [00m:06s] Processing chr. 22 + [█████████-------------------------------] 22% [00m:07s] Processing chr. 22 + [███████████-----------------------------] 26% [00m:08s] Processing chr. 22 + [█████████████---------------------------] 30% [00m:09s] Processing chr. 22 + [██████████████--------------------------] 34% [00m:10s] Processing chr. 22 + [████████████████------------------------] 39% [00m:11s] Processing chr. 22 + [██████████████████----------------------] 43% [00m:12s] Processing chr. 22 + [███████████████████---------------------] 47% [00m:13s] Processing chr. 22 + [█████████████████████-------------------] 51% [00m:14s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 55% [00m:15s] Processing chr. 22 + [████████████████████████----------------] 58% [00m:16s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████---------------] 62% [00m:17s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 65% [00m:18s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████------------] 69% [00m:19s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:20s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 76% [00m:21s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████--------] 79% [00m:22s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████------] 83% [00m:23s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:24s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:25s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:26s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:27s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:28s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:29s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:30s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 100% [00m:35s] Read simulated + +# let us load the dplyr library to filter the `simulate_seq` output +library(dplyr) +#> +#> Attaching package: 'dplyr' +#> The following objects are masked from 'package:stats': +#> +#> filter, lag +#> The following objects are masked from 'package:base': +#> +#> intersect, setdiff, setequal, union + +seq_results %>% head +#> chr chr_pos ref alt causes classes S_1_1.occurrences S_1_1.coverage +#> 1 22 10510210 N C A driver 1 2 +#> 2 22 12028576 N G B driver 0 2 +#> 3 22 16051493 G A <NA> germinal 2 3 +#> 4 22 16052080 G A <NA> germinal 2 3 +#> 5 22 16053659 A C <NA> germinal 3 3 +#> 6 22 16053863 G A <NA> germinal 1 2 +#> S_1_1.VAF S_1_2.occurrences S_1_2.coverage S_1_2.VAF S_2_1.occurrences +#> 1 0.5000000 2 6 0.3333333 0 +#> 2 0.0000000 0 4 0.0000000 3 +#> 3 0.6666667 0 1 0.0000000 2 +#> 4 0.6666667 2 4 0.5000000 3 +#> 5 1.0000000 5 5 1.0000000 1 +#> 6 0.5000000 0 2 0.0000000 2 +#> S_2_1.coverage S_2_1.VAF S_2_2.occurrences S_2_2.coverage S_2_2.VAF +#> 1 3 0.00 1 3 0.3333333 +#> 2 3 1.00 0 1 0.0000000 +#> 3 5 0.40 0 1 0.0000000 +#> 4 4 0.75 1 1 1.0000000 +#> 5 1 1.00 3 3 1.0000000 +#> 6 2 1.00 1 2 0.5000000 +#> normal_sample.occurrences normal_sample.coverage normal_sample.VAF +#> 1 0 1 0.0 +#> 2 0 2 0.0 +#> 3 2 4 0.5 +#> 4 1 2 0.5 +#> 5 2 2 1.0 +#> 6 3 3 1.0

The function simulate_seq() returns a data frame whose rows represent the mutations observed in the simulated reads (currently, only SNVs are supported).

@@ -238,11 +237,11 @@

Cell Partition by Epigeneti [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 - [█---------------------------------------] 1% [00m:02s] Processing chr. 22 + [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 5% [00m:03s] Processing chr. 22 [████------------------------------------] 9% [00m:04s] Processing chr. 22 - [██████----------------------------------] 14% [00m:05s] Processing chr. 22 - [████████--------------------------------] 18% [00m:06s] Processing chr. 22 + [██████----------------------------------] 13% [00m:05s] Processing chr. 22 + [███████---------------------------------] 17% [00m:06s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 22% [00m:07s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 26% [00m:08s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 26% [00m:09s] Processing chr. 22 @@ -251,11 +250,11 @@

Cell Partition by Epigeneti [███████████-----------------------------] 27% [00m:12s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 27% [00m:13s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 27% [00m:14s] Processing chr. 22 - [█████████████---------------------------] 30% [00m:15s] Processing chr. 22 - [██████████████--------------------------] 34% [00m:16s] Processing chr. 22 - [████████████████------------------------] 38% [00m:17s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 42% [00m:18s] Processing chr. 22 - [███████████████████---------------------] 46% [00m:19s] Processing chr. 22 + [████████████----------------------------] 29% [00m:15s] Processing chr. 22 + [██████████████--------------------------] 33% [00m:16s] Processing chr. 22 + [███████████████-------------------------] 37% [00m:17s] Processing chr. 22 + [█████████████████-----------------------] 41% [00m:18s] Processing chr. 22 + [███████████████████---------------------] 45% [00m:19s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:20s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:21s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:22s] Processing chr. 22 @@ -270,84 +269,86 @@

Cell Partition by Epigeneti [███████████████████████-----------------] 55% [00m:31s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 55% [00m:32s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 55% [00m:33s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 56% [00m:34s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████---------------] 60% [00m:35s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████--------------] 63% [00m:36s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 66% [00m:37s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████------------] 69% [00m:38s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:39s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 75% [00m:40s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████--------] 78% [00m:41s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:42s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:43s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████----] 89% [00m:44s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:45s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:46s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:47s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:48s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 55% [00m:34s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 57% [00m:35s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████---------------] 60% [00m:36s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████--------------] 63% [00m:37s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 66% [00m:38s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████------------] 69% [00m:39s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:40s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 75% [00m:41s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████--------] 78% [00m:42s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:43s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████------] 84% [00m:44s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:45s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:46s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:47s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:48s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:49s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:50s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:51s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:56s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:57s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:58s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 100% [01m:02s] Read simulated - -seq_results %>% head -#> chr chr_pos ref alt causes classes S_1_1_N.occurrences S_1_1_N.coverage -#> 1 22 10510210 N C A driver 0 0 -#> 2 22 12028576 N G B driver 0 6 -#> 3 22 16051493 G A <NA> germinal 1 2 -#> 4 22 16052080 G A <NA> germinal 2 5 -#> 5 22 16053659 A C <NA> germinal 2 2 -#> 6 22 16053863 G A <NA> germinal 1 3 -#> S_1_1_N.VAF S_1_1_P.occurrences S_1_1_P.coverage S_1_1_P.VAF -#> 1 NaN 1 4 0.25 -#> 2 0.0000000 0 6 0.00 -#> 3 0.5000000 0 1 0.00 -#> 4 0.4000000 3 4 0.75 -#> 5 1.0000000 3 3 1.00 -#> 6 0.3333333 0 2 0.00 -#> S_1_2_N.occurrences S_1_2_N.coverage S_1_2_N.VAF S_1_2_P.occurrences -#> 1 0 3 0.0 0 -#> 2 0 2 0.0 0 -#> 3 0 1 0.0 0 -#> 4 1 2 0.5 0 -#> 5 2 2 1.0 2 -#> 6 1 1 1.0 1 -#> S_1_2_P.coverage S_1_2_P.VAF S_2_1_N.occurrences S_2_1_N.coverage S_2_1_N.VAF -#> 1 1 0.0000000 4 4 1.0000000 -#> 2 1 0.0000000 1 3 0.3333333 -#> 3 1 0.0000000 4 4 1.0000000 -#> 4 0 NaN 0 1 0.0000000 -#> 5 2 1.0000000 2 2 1.0000000 -#> 6 3 0.3333333 1 3 0.3333333 -#> S_2_1_P.occurrences S_2_1_P.coverage S_2_1_P.VAF S_2_2_N.occurrences -#> 1 2 2 1.00 5 -#> 2 0 5 0.00 0 -#> 3 1 1 1.00 1 -#> 4 3 4 0.75 1 -#> 5 3 3 1.00 0 -#> 6 2 2 1.00 2 -#> S_2_2_N.coverage S_2_2_N.VAF S_2_2_P.occurrences S_2_2_P.coverage S_2_2_P.VAF -#> 1 6 0.8333333 2 6 0.3333333 -#> 2 3 0.0000000 0 2 0.0000000 -#> 3 3 0.3333333 0 0 NaN -#> 4 1 1.0000000 0 2 0.0000000 -#> 5 0 NaN 3 3 1.0000000 -#> 6 3 0.6666667 0 0 NaN -#> normal_sample.occurrences normal_sample.coverage normal_sample.VAF -#> 1 0 5 0 -#> 2 0 4 0 -#> 3 0 0 NaN -#> 4 0 0 NaN -#> 5 3 3 1 -#> 6 0 0 NaN + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:51s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:52s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:56s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:57s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:58s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:59s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [01m:00s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [01m:01s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 100% [01m:04s] Read simulated + +seq_results %>% head +#> chr chr_pos ref alt causes classes S_1_1_N.occurrences S_1_1_N.coverage +#> 1 22 10510210 N C A driver 0 0 +#> 2 22 12028576 N G B driver 0 6 +#> 3 22 16051493 G A <NA> germinal 1 2 +#> 4 22 16052080 G A <NA> germinal 2 5 +#> 5 22 16053659 A C <NA> germinal 2 2 +#> 6 22 16053863 G A <NA> germinal 1 3 +#> S_1_1_N.VAF S_1_1_P.occurrences S_1_1_P.coverage S_1_1_P.VAF +#> 1 NaN 1 4 0.25 +#> 2 0.0000000 0 6 0.00 +#> 3 0.5000000 0 1 0.00 +#> 4 0.4000000 3 4 0.75 +#> 5 1.0000000 3 3 1.00 +#> 6 0.3333333 0 2 0.00 +#> S_1_2_N.occurrences S_1_2_N.coverage S_1_2_N.VAF S_1_2_P.occurrences +#> 1 0 3 0.0 0 +#> 2 0 2 0.0 0 +#> 3 0 1 0.0 0 +#> 4 1 2 0.5 0 +#> 5 2 2 1.0 2 +#> 6 1 1 1.0 1 +#> S_1_2_P.coverage S_1_2_P.VAF S_2_1_N.occurrences S_2_1_N.coverage S_2_1_N.VAF +#> 1 1 0.0000000 4 4 1.0000000 +#> 2 1 0.0000000 1 3 0.3333333 +#> 3 1 0.0000000 4 4 1.0000000 +#> 4 0 NaN 0 1 0.0000000 +#> 5 2 1.0000000 2 2 1.0000000 +#> 6 3 0.3333333 1 3 0.3333333 +#> S_2_1_P.occurrences S_2_1_P.coverage S_2_1_P.VAF S_2_2_N.occurrences +#> 1 2 2 1.00 5 +#> 2 0 5 0.00 0 +#> 3 1 1 1.00 1 +#> 4 3 4 0.75 1 +#> 5 3 3 1.00 0 +#> 6 2 2 1.00 2 +#> S_2_2_N.coverage S_2_2_N.VAF S_2_2_P.occurrences S_2_2_P.coverage S_2_2_P.VAF +#> 1 6 0.8333333 2 6 0.3333333 +#> 2 3 0.0000000 0 2 0.0000000 +#> 3 3 0.3333333 0 0 NaN +#> 4 1 1.0000000 0 2 0.0000000 +#> 5 0 NaN 3 3 1.0000000 +#> 6 3 0.6666667 0 0 NaN +#> normal_sample.occurrences normal_sample.coverage normal_sample.VAF +#> 1 0 5 0 +#> 2 0 4 0 +#> 3 0 0 NaN +#> 4 0 0 NaN +#> 5 3 3 1 +#> 6 0 0 NaN

Saving the Simulated Reads @@ -376,68 +377,69 @@

Saving the Simulated Reads [████████--------------------------------] 18% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 20% [00m:10s] Processing chr. 22 [██████████------------------------------] 23% [00m:11s] Processing chr. 22 - [███████████-----------------------------] 26% [00m:12s] Processing chr. 22 + [███████████-----------------------------] 25% [00m:12s] Processing chr. 22 [████████████----------------------------] 28% [00m:13s] Processing chr. 22 - [█████████████---------------------------] 31% [00m:14s] Processing chr. 22 + [█████████████---------------------------] 30% [00m:14s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 33% [00m:15s] Processing chr. 22 - [███████████████-------------------------] 36% [00m:16s] Processing chr. 22 - [████████████████------------------------] 39% [00m:17s] Processing chr. 22 + [███████████████-------------------------] 35% [00m:16s] Processing chr. 22 + [████████████████------------------------] 38% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 41% [00m:18s] Processing chr. 22 - [██████████████████----------------------] 44% [00m:19s] Processing chr. 22 + [██████████████████----------------------] 43% [00m:19s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 46% [00m:20s] Processing chr. 22 - [████████████████████--------------------] 49% [00m:21s] Processing chr. 22 - [█████████████████████-------------------] 52% [00m:22s] Processing chr. 22 - [██████████████████████------------------] 54% [00m:23s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 56% [00m:24s] Processing chr. 22 - [████████████████████████----------------] 58% [00m:25s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████---------------] 61% [00m:26s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████--------------] 63% [00m:27s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 65% [00m:28s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 67% [00m:29s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████------------] 69% [00m:30s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:31s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████----------] 73% [00m:32s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 75% [00m:33s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 77% [00m:34s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████--------] 79% [00m:35s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:36s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████------] 84% [00m:37s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:38s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████----] 88% [00m:39s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:40s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:41s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:42s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:43s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:44s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:45s] Processing chr. 22 + [████████████████████--------------------] 48% [00m:21s] Processing chr. 22 + [█████████████████████-------------------] 51% [00m:22s] Processing chr. 22 + [██████████████████████------------------] 52% [00m:23s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 55% [00m:24s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 57% [00m:25s] Processing chr. 22 + [████████████████████████----------------] 58% [00m:26s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████---------------] 61% [00m:27s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████--------------] 63% [00m:28s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 65% [00m:29s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 67% [00m:30s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 70% [00m:31s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:32s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████----------] 73% [00m:33s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 75% [00m:34s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 77% [00m:35s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████--------] 79% [00m:36s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:37s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████------] 83% [00m:38s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:39s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:40s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 89% [00m:41s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:42s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:43s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:44s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:45s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:46s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:47s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:48s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:49s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:50s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:51s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 100% [00m:56s] Read simulated - -sam_files <- list.files("rRACES_SAM/") - -ex_file <- paste("rRACES_SAM/", sam_files[1], sep = "") -for (line in readLines(ex_file, n = 10)) { - cat(paste(line, "\n")) -} -#> @HD VN:1.6 SO:unknown -#> @SQ SN:22 LN:51304566 AN:chromosome22,chr22,chromosome_22,chr_22 -#> @RG ID:S_1_1 SM:S_1_1 PL:ILLUMINA -#> @RG ID:S_1_2 SM:S_1_2 PL:ILLUMINA -#> @RG ID:S_2_1 SM:S_2_1 PL:ILLUMINA -#> @RG ID:S_2_2 SM:S_2_2 PL:ILLUMINA -#> @RG ID:normal_sample SM:normal_sample PL:ILLUMINA -#> r00000000000 16 22 37812620 33 65M1X84M * 0 0 GAAGTGGGAGGGAAGGGCTGGGTGGAGGCACTGGGAGGAAGCAAGCGCTGGTGCAGCAGGGTCTCTGGTCTGTCCACAGGGGCAGGCAGGATAAGTGCAGACCCGCCCACTGTGCCTCACTCCCCAGCCCTCCACCACCAAGAACCCCCA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! RG:Z:S_1_1 NM:i:1 -#> r00000000001 0 22 50800045 33 150M * 0 0 CTTGCCTTCAGCTATTTTTCCTTCAACAGTCTCAGCCCAGAGTATGCCCTGCTTGTCTTCCTTTGACCCAGGACCCAGAGTATGCCCTGCTCGTCTGCCTTTGACTCTTTGTTCTGGTACTTGTTTTCCCAGGATTATATTATTGACAAC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! RG:Z:S_1_1 NM:i:0 -#> r00000000002 0 22 25315049 33 150M * 0 0 TCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTTACTGCAGCCTCCACTTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGACTAATTTTTTTTGTATTTTTA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! RG:Z:S_1_1 NM:i:0

+ [████████████████████████████████████████] 99% [00m:48s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:49s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:50s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:51s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 100% [00m:58s] Read simulated + +sam_files <- list.files("rRACES_SAM/") + +ex_file <- paste("rRACES_SAM/", sam_files[1], sep = "") +for (line in readLines(ex_file, n = 10)) { + cat(paste(line, "\n")) +} +#> @HD VN:1.6 SO:unknown +#> @SQ SN:22 LN:51304566 AN:chromosome22,chr22,chromosome_22,chr_22 +#> @RG ID:S_1_1 SM:S_1_1 PL:ILLUMINA +#> @RG ID:S_1_2 SM:S_1_2 PL:ILLUMINA +#> @RG ID:S_2_1 SM:S_2_1 PL:ILLUMINA +#> @RG ID:S_2_2 SM:S_2_2 PL:ILLUMINA +#> @RG ID:normal_sample SM:normal_sample PL:ILLUMINA +#> r00000000000 16 22 37812620 33 65M1X84M * 0 0 GAAGTGGGAGGGAAGGGCTGGGTGGAGGCACTGGGAGGAAGCAAGCGCTGGTGCAGCAGGGTCTCTGGTCTGTCCACAGGGGCAGGCAGGATAAGTGCAGACCCGCCCACTGTGCCTCACTCCCCAGCCCTCCACCACCAAGAACCCCCA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! RG:Z:S_1_1 NM:i:1 +#> r00000000001 0 22 50800045 33 150M * 0 0 CTTGCCTTCAGCTATTTTTCCTTCAACAGTCTCAGCCCAGAGTATGCCCTGCTTGTCTTCCTTTGACCCAGGACCCAGAGTATGCCCTGCTCGTCTGCCTTTGACTCTTTGTTCTGGTACTTGTTTTCCCAGGATTATATTATTGACAAC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! RG:Z:S_1_1 NM:i:0 +#> r00000000002 0 22 25315049 33 150M * 0 0 TCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTTACTGCAGCCTCCACTTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGACTAATTTTTTTTGTATTTTTA !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! RG:Z:S_1_1 NM:i:0

Each SAM file contains the reads produced by simulating the sequencing of all the samples. The command-line tools samtools can be used to split the reads by sample.

@@ -475,24 +477,24 @@

Sample Purity [██--------------------------------------] 3% [00m:03s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 5% [00m:04s] Processing chr. 22 [████------------------------------------] 8% [00m:05s] Processing chr. 22 - [█████-----------------------------------] 11% [00m:06s] Processing chr. 22 + [█████-----------------------------------] 10% [00m:06s] Processing chr. 22 [██████----------------------------------] 13% [00m:07s] Processing chr. 22 - [███████---------------------------------] 16% [00m:08s] Processing chr. 22 + [███████---------------------------------] 15% [00m:08s] Processing chr. 22 [████████--------------------------------] 18% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 21% [00m:10s] Processing chr. 22 - [██████████------------------------------] 24% [00m:11s] Processing chr. 22 + [██████████------------------------------] 23% [00m:11s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 26% [00m:12s] Processing chr. 22 [████████████----------------------------] 28% [00m:13s] Processing chr. 22 - [█████████████---------------------------] 30% [00m:14s] Processing chr. 22 + [█████████████---------------------------] 31% [00m:14s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 33% [00m:15s] Processing chr. 22 [███████████████-------------------------] 36% [00m:16s] Processing chr. 22 [████████████████------------------------] 38% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 41% [00m:18s] Processing chr. 22 [██████████████████----------------------] 43% [00m:19s] Processing chr. 22 - [███████████████████---------------------] 45% [00m:20s] Processing chr. 22 + [███████████████████---------------------] 46% [00m:20s] Processing chr. 22 [████████████████████--------------------] 48% [00m:21s] Processing chr. 22 - [█████████████████████-------------------] 50% [00m:22s] Processing chr. 22 - [█████████████████████-------------------] 52% [00m:23s] Processing chr. 22 + [█████████████████████-------------------] 51% [00m:22s] Processing chr. 22 + [██████████████████████------------------] 52% [00m:23s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 55% [00m:24s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 57% [00m:25s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:26s] Processing chr. 22 @@ -501,18 +503,18 @@

Sample Purity [███████████████████████████-------------] 65% [00m:29s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████------------] 69% [00m:31s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:32s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████----------] 74% [00m:33s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 76% [00m:34s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████--------] 78% [00m:35s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:36s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:37s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:32s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████----------] 73% [00m:33s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 75% [00m:34s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 77% [00m:35s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████--------] 79% [00m:36s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:37s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:38s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:39s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████----] 89% [00m:40s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:41s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:42s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:43s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 88% [00m:40s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:41s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:42s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:43s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:44s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:45s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:46s] Processing chr. 22 @@ -618,60 +620,60 @@

Chromosome Sequencing [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 - [██--------------------------------------] 3% [00m:03s] Processing chr. 22 + [█---------------------------------------] 2% [00m:03s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 5% [00m:04s] Processing chr. 22 - [████------------------------------------] 8% [00m:05s] Processing chr. 22 - [█████-----------------------------------] 11% [00m:06s] Processing chr. 22 - [██████----------------------------------] 13% [00m:07s] Processing chr. 22 - [███████---------------------------------] 16% [00m:08s] Processing chr. 22 - [████████--------------------------------] 18% [00m:09s] Processing chr. 22 - [█████████-------------------------------] 21% [00m:10s] Processing chr. 22 - [██████████------------------------------] 23% [00m:11s] Processing chr. 22 - [███████████-----------------------------] 26% [00m:12s] Processing chr. 22 - [████████████----------------------------] 28% [00m:13s] Processing chr. 22 - [█████████████---------------------------] 31% [00m:14s] Processing chr. 22 - [██████████████--------------------------] 33% [00m:15s] Processing chr. 22 - [███████████████-------------------------] 35% [00m:16s] Processing chr. 22 - [████████████████------------------------] 38% [00m:17s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 40% [00m:18s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 42% [00m:19s] Processing chr. 22 - [███████████████████---------------------] 45% [00m:20s] Processing chr. 22 - [███████████████████---------------------] 47% [00m:21s] Processing chr. 22 - [█████████████████████-------------------] 50% [00m:22s] Processing chr. 22 - [█████████████████████-------------------] 52% [00m:23s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 55% [00m:24s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 56% [00m:25s] Processing chr. 22 - [████████████████████████----------------] 58% [00m:26s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████---------------] 60% [00m:27s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████---------------] 62% [00m:28s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████--------------] 64% [00m:29s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 66% [00m:30s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████------------] 68% [00m:31s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 70% [00m:32s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:33s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████----------] 74% [00m:34s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 76% [00m:35s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████--------] 78% [00m:36s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:37s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:38s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████------] 84% [00m:39s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:40s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████----] 88% [00m:41s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:42s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:43s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:44s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:45s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:46s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:47s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:48s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:49s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:50s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:51s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:56s] Processing chr. 22 + [███-------------------------------------] 7% [00m:05s] Processing chr. 22 + [█████-----------------------------------] 10% [00m:06s] Processing chr. 22 + [█████-----------------------------------] 12% [00m:07s] Processing chr. 22 + [███████---------------------------------] 15% [00m:08s] Processing chr. 22 + [███████---------------------------------] 17% [00m:08s] Processing chr. 22 + [█████████-------------------------------] 20% [00m:09s] Processing chr. 22 + [██████████------------------------------] 23% [00m:10s] Processing chr. 22 + [███████████-----------------------------] 25% [00m:11s] Processing chr. 22 + [████████████----------------------------] 28% [00m:12s] Processing chr. 22 + [█████████████---------------------------] 30% [00m:13s] Processing chr. 22 + [██████████████--------------------------] 33% [00m:14s] Processing chr. 22 + [███████████████-------------------------] 35% [00m:15s] Processing chr. 22 + [████████████████------------------------] 38% [00m:16s] Processing chr. 22 + [█████████████████-----------------------] 40% [00m:17s] Processing chr. 22 + [██████████████████----------------------] 43% [00m:18s] Processing chr. 22 + [███████████████████---------------------] 45% [00m:19s] Processing chr. 22 + [████████████████████--------------------] 48% [00m:20s] Processing chr. 22 + [█████████████████████-------------------] 50% [00m:21s] Processing chr. 22 + [██████████████████████------------------] 52% [00m:22s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 55% [00m:23s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 57% [00m:24s] Processing chr. 22 + [████████████████████████----------------] 58% [00m:25s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████---------------] 61% [00m:26s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████--------------] 63% [00m:27s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 65% [00m:28s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 67% [00m:29s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████------------] 69% [00m:30s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:31s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████----------] 73% [00m:32s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 75% [00m:33s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 77% [00m:34s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████--------] 79% [00m:35s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:36s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████------] 84% [00m:37s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:38s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 88% [00m:39s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:40s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:41s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:42s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:43s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:44s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:45s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:46s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:47s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:48s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:49s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:50s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:51s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:58s] Read simulated
@@ -709,49 +711,49 @@

Updating the SAM Output Directory [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 2% [00m:03s] Processing chr. 22 - [███-------------------------------------] 5% [00m:04s] Processing chr. 22 - [████------------------------------------] 8% [00m:05s] Processing chr. 22 - [█████-----------------------------------] 10% [00m:06s] Processing chr. 22 - [██████----------------------------------] 13% [00m:07s] Processing chr. 22 - [███████---------------------------------] 15% [00m:08s] Processing chr. 22 - [████████--------------------------------] 18% [00m:09s] Processing chr. 22 - [█████████-------------------------------] 20% [00m:10s] Processing chr. 22 - [██████████------------------------------] 23% [00m:11s] Processing chr. 22 - [███████████-----------------------------] 25% [00m:12s] Processing chr. 22 + [██--------------------------------------] 4% [00m:04s] Processing chr. 22 + [███-------------------------------------] 7% [00m:05s] Processing chr. 22 + [████------------------------------------] 9% [00m:06s] Processing chr. 22 + [█████-----------------------------------] 12% [00m:07s] Processing chr. 22 + [██████----------------------------------] 14% [00m:08s] Processing chr. 22 + [███████---------------------------------] 17% [00m:09s] Processing chr. 22 + [████████--------------------------------] 19% [00m:10s] Processing chr. 22 + [█████████-------------------------------] 22% [00m:11s] Processing chr. 22 + [██████████------------------------------] 24% [00m:12s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 27% [00m:13s] Processing chr. 22 - [█████████████---------------------------] 30% [00m:14s] Processing chr. 22 - [██████████████--------------------------] 33% [00m:15s] Processing chr. 22 - [███████████████-------------------------] 35% [00m:16s] Processing chr. 22 - [████████████████------------------------] 38% [00m:17s] Processing chr. 22 - [█████████████████-----------------------] 40% [00m:18s] Processing chr. 22 - [██████████████████----------------------] 43% [00m:19s] Processing chr. 22 - [███████████████████---------------------] 45% [00m:20s] Processing chr. 22 - [████████████████████--------------------] 48% [00m:21s] Processing chr. 22 - [█████████████████████-------------------] 51% [00m:22s] Processing chr. 22 - [██████████████████████------------------] 52% [00m:23s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 55% [00m:24s] Processing chr. 22 - [███████████████████████-----------------] 57% [00m:25s] Processing chr. 22 + [████████████----------------------------] 29% [00m:14s] Processing chr. 22 + [█████████████---------------------------] 31% [00m:15s] Processing chr. 22 + [██████████████--------------------------] 34% [00m:16s] Processing chr. 22 + [███████████████-------------------------] 36% [00m:17s] Processing chr. 22 + [████████████████------------------------] 39% [00m:18s] Processing chr. 22 + [█████████████████-----------------------] 41% [00m:19s] Processing chr. 22 + [██████████████████----------------------] 44% [00m:20s] Processing chr. 22 + [███████████████████---------------------] 46% [00m:21s] Processing chr. 22 + [████████████████████--------------------] 49% [00m:22s] Processing chr. 22 + [█████████████████████-------------------] 51% [00m:23s] Processing chr. 22 + [██████████████████████------------------] 54% [00m:24s] Processing chr. 22 + [███████████████████████-----------------] 56% [00m:25s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:26s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████---------------] 61% [00m:27s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████--------------] 63% [00m:28s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 65% [00m:29s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████-------------] 67% [00m:30s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████------------] 69% [00m:31s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:32s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████----------] 73% [00m:33s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 75% [00m:34s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████---------] 77% [00m:35s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████--------] 79% [00m:36s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:37s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████------] 83% [00m:38s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:39s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████----] 88% [00m:40s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:41s] Processing chr. 22 - [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:42s] Processing chr. 22 - [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:43s] Processing chr. 22 - [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:44s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:45s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:46s] Processing chr. 22 + [████████████████████████----------------] 58% [00m:27s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████---------------] 61% [00m:28s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████--------------] 63% [00m:29s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 65% [00m:30s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████-------------] 67% [00m:31s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████------------] 69% [00m:32s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:33s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████----------] 73% [00m:34s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 75% [00m:35s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████---------] 77% [00m:36s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████--------] 79% [00m:37s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:38s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████------] 83% [00m:39s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:40s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:41s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████----] 89% [00m:42s] Processing chr. 22 + [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:43s] Processing chr. 22 + [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:44s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:45s] Processing chr. 22 + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:46s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:47s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:48s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:49s] Processing chr. 22 @@ -761,7 +763,10 @@

Updating the SAM Output Directory [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22 - [████████████████████████████████████████] 100% [00m:57s] Read simulated

+ [████████████████████████████████████████] 99% [00m:56s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:57s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:58s] Processing chr. 22 + [████████████████████████████████████████] 100% [00m:59s] Read simulated

When the output directory already contains a SAM file associated with a chromosome, the alignments on that chromosome are saved in a file whose name is the first available, having the format diff --git a/articles/tissue_simulation.html b/articles/tissue_simulation.html index cf11afba..e6a78d83 100644 --- a/articles/tissue_simulation.html +++ b/articles/tissue_simulation.html @@ -543,7 +543,7 @@

Expressions and Formulas [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot sim2 -#> ── 
[43m rRACES 
[49m 
[37m
[42m D 
[49m
[39m 
[37m
[41m S 
[49m
[39m 
[37m
[41m M 
[49m
[39m races_20240422-111303 ── 
[31m▣ 
[39mA tissue [1000x1000]
[31m ⏱ 
[39m40 ── +#> ── 
[43m rRACES 
[49m 
[37m
[42m D 
[49m
[39m 
[37m
[41m S 
[49m
[39m 
[37m
[41m M 
[49m
[39m races_20240423-191944 ── 
[31m▣ 
[39mA tissue [1000x1000]
[31m ⏱ 
[39m40 ── #> #> ── Species: 
[32m
[32m2
[32m
[39m, 
[32m
[32m
[32mwith
[32m
[32m
[39m epigenetics #> @@ -678,11 +678,11 @@

Evolving new species# New evolution sim$run_up_to_size("B+", 600) #> - [██--------------------------------------] 3% [00m:00s] Cells: 88692 - [████████--------------------------------] 18% [00m:00s] Cells: 137355 - [█████████████---------------------------] 30% [00m:01s] Cells: 166792 - [█████████████████████-------------------] 51% [00m:02s] Cells: 196034 - [████████████████████████████████--------] 78% [00m:03s] Cells: 230006 + [██--------------------------------------] 3% [00m:00s] Cells: 91301 + [████████--------------------------------] 19% [00m:00s] Cells: 141478 + [█████████████████-----------------------] 40% [00m:02s] Cells: 182620 + [███████████████████████████-------------] 67% [00m:02s] Cells: 215747 + [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:04s] Cells: 245970 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:04s] Saving snapshot

At this point, we can inspect in more details the tissue. It can help to facet on the species to clearly appreciate the spatial diffusion of @@ -712,20 +712,19 @@

Evolving new species sim$run_up_to_time(sim$get_clock() + 7) #> - [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:00s] Cells: 271508 - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:01s] Cells: 295224 - [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:02s] Cells: 316206 - [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:03s] Cells: 342141 - [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:04s] Cells: 363678 - [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:05s] Cells: 385709 - [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:06s] Cells: 406967 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:07s] Cells: 423056 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:08s] Cells: 442292 - [████████████████████████████████████████] 98% [00m:09s] Cells: 460171 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:10s] Cells: 478710 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:11s] Cells: 495881 - [████████████████████████████████████████] 99% [00m:12s] Cells: 511642 - [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] Saving snapshot + [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:00s] Cells: 274263 + [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:00s] Cells: 300854 + [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:01s] Cells: 326607 + [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:02s] Cells: 349723 + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:03s] Cells: 373241 + [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:04s] Cells: 393682 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:06s] Cells: 414808 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:07s] Cells: 434199 + [████████████████████████████████████████] 98% [00m:08s] Cells: 453923 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:09s] Cells: 470908 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:10s] Cells: 487495 + [████████████████████████████████████████] 99% [00m:11s] Cells: 505116 + [████████████████████████████████████████] 100% [00m:11s] Saving snapshot

@@ -875,24 +874,23 @@

Custom Time-Series sim$run_up_to_size("D+", 1000) #> - [███-------------------------------------] 7% [00m:00s] Cells: 86416 - [██████----------------------------------] 14% [00m:01s] Cells: 125661 - [█████████-------------------------------] 20% [00m:02s] Cells: 163544 - [██████████------------------------------] 24% [00m:03s] Cells: 196752 - [██████████████--------------------------] 33% [00m:04s] Cells: 233665 - [███████████████-------------------------] 37% [00m:05s] Cells: 256656 - [██████████████████----------------------] 43% [00m:06s] Cells: 287146 - [████████████████████--------------------] 49% [00m:07s] Cells: 319232 - [██████████████████████------------------] 54% [00m:08s] Cells: 345004 - [█████████████████████████---------------] 62% [00m:09s] Cells: 370361 - [████████████████████████████------------] 68% [00m:10s] Cells: 392988 - [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:11s] Cells: 412916 - [███████████████████████████████---------] 76% [00m:12s] Cells: 432217 - [██████████████████████████████████------] 83% [00m:13s] Cells: 452143 - [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:14s] Cells: 471689 - [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:15s] Cells: 491193 - [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:16s] Cells: 508419 - [████████████████████████████████████████] 100% [00m:16s] Saving snapshot + [███-------------------------------------] 7% [00m:00s] Cells: 80838 + [██████----------------------------------] 14% [00m:01s] Cells: 128861 + [█████████-------------------------------] 21% [00m:02s] Cells: 172490 + [███████████-----------------------------] 25% [00m:03s] Cells: 205389 + [███████████████-------------------------] 35% [00m:04s] Cells: 240621 + [█████████████████-----------------------] 40% [00m:05s] Cells: 275758 + [███████████████████---------------------] 45% [00m:06s] Cells: 304124 + [█████████████████████-------------------] 50% [00m:07s] Cells: 323995 + [███████████████████████-----------------] 55% [00m:08s] Cells: 347877 + [█████████████████████████---------------] 62% [00m:09s] Cells: 370838 + [████████████████████████████------------] 68% [00m:10s] Cells: 394020 + [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:11s] Cells: 417489 + [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:12s] Cells: 438821 + [██████████████████████████████████------] 84% [00m:13s] Cells: 459774 + [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:14s] Cells: 480671 + [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:15s] Cells: 500937 + [████████████████████████████████████████] 100% [00m:15s] Saving snapshot

The time-series can be plot using plot_timeseries().

 # Time-series plot
@@ -979,10 +977,10 @@ 

Time-Varying Evolutionary Rates# Now D will become larger sim$run_up_to_size("D+", 6000) #> - [███████---------------------------------] 17% [00m:00s] Cells: 443896 - [███████---------------------------------] 17% [00m:00s] Cells: 356002 - [████████--------------------------------] 19% [00m:01s] Cells: 243726 - [██████████------------------------------] 24% [00m:02s] Cells: 116370 + [███████---------------------------------] 17% [00m:00s] Cells: 442014 + [████████--------------------------------] 18% [00m:00s] Cells: 346034 + [████████--------------------------------] 19% [00m:01s] Cells: 230603 + [████████████----------------------------] 28% [00m:02s] Cells: 98655 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] Saving snapshot # Current state @@ -1020,9 +1018,6 @@

Time-Varying Evolutionary Rates ggplot2::xlim(clock * 3/4, clock) + ggplot2::scale_y_log10()

-
-
-
diff --git a/favicon-16x16.png b/favicon-16x16.png index 3e5826b300e2a712d3e32853e2163cb41a2cbd5f..f7f1abc93258235ea5c900ff21789c27eecd3cdd 100644 GIT binary patch delta 71 zcmX@fb&_jCC^Lt+Ag9c=RaahYj%BuB6fq7lG`BLav@){LHZZUldP;Oc6^FPWr|iPDPwF-{P2m(V4ly*hGO)BVveY&(ure^{FAd6{ti>gZA@NV+ K)#b_2T=@X_=oNAR delta 69 zcmX>ldP;Oc6^9rnljQroIgA^drf`ZFg&0^`85mg^nQ9vtSQ!{pZrQ(kvKE&th6Kk; KcJ|59T=@XuG83-= diff --git a/pkgdown.yml b/pkgdown.yml index 074134a5..f29d0b37 100644 --- a/pkgdown.yml +++ b/pkgdown.yml @@ -9,7 +9,7 @@ articles: sampling: sampling.html sequencing: sequencing.html tissue_simulation: tissue_simulation.html -last_built: 2024-04-22T09:02Z +last_built: 2024-04-23T17:09Z urls: reference: https://caravagnalab.github.io/rRACES/reference article: https://caravagnalab.github.io/rRACES/articles diff --git a/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html b/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html index 79473dc5..b505aeeb 100644 --- a/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html +++ b/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html @@ -127,7 +127,7 @@

Examples# place the mutations on the samples forest assuming # 1000 pre-neoplastic mutations phylogenetic_forest <- m_engine$place_mutations(samples_forest, 1000) -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [█████████████---------------------------] 31% [00m:01s] Placing mutations [██████████████████████████--------------] 64% [00m:02s] Placing mutations [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:03s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] Mutations placed +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [██████████████--------------------------] 33% [00m:01s] Placing mutations [███████████████████████████-------------] 67% [00m:02s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Mutations placed phylogenetic_forest #> PhylogeneticForest diff --git a/reference/SamplesForest-cash-get_sticks.html b/reference/SamplesForest-cash-get_sticks.html index c992f408..9dcc04d4 100644 --- a/reference/SamplesForest-cash-get_sticks.html +++ b/reference/SamplesForest-cash-get_sticks.html @@ -109,7 +109,7 @@

Examplessim$add_mutant(name = "B", growth_rate = 0.3, death_rate = 0.01) sim$mutate_progeny(sim$choose_cell_in("A"), "B") sim$run_up_to_size(species = "B", num_of_cells = 1000) -#> [████████--------------------------------] 19% [00m:00s] Cells: 141947 [███████████████-------------------------] 37% [00m:00s] Cells: 224790 [███████████████████████-----------------] 57% [00m:01s] Cells: 286427 [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:02s] Cells: 335048 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:04s] Cells: 380883 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:04s] Saving snapshot +#> [████████--------------------------------] 18% [00m:00s] Cells: 136703 [███████████████-------------------------] 36% [00m:01s] Cells: 217083 [█████████████████████-------------------] 51% [00m:02s] Cells: 270474 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:03s] Cells: 321565 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:04s] Cells: 360298 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:05s] Cells: 397648 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:05s] Saving snapshot # search for a 33x33 region containing 50 cells in A and # 50 cells in B at least and sample it diff --git a/reference/Simulation-cash-get_name.html b/reference/Simulation-cash-get_name.html index ae00cf32..d76790c0 100644 --- a/reference/Simulation-cash-get_name.html +++ b/reference/Simulation-cash-get_name.html @@ -75,7 +75,7 @@

Examples # Expecting "test" sim$get_name() -#> [1] "races_20240422-110321" +#> [1] "races_20240423-191020"