diff --git a/apple-touch-icon-120x120.png b/apple-touch-icon-120x120.png index 55886ede..d3971fa0 100644 Binary files a/apple-touch-icon-120x120.png and b/apple-touch-icon-120x120.png differ diff --git a/apple-touch-icon-152x152.png b/apple-touch-icon-152x152.png index d80724ec..7c5bbb6b 100644 Binary files a/apple-touch-icon-152x152.png and b/apple-touch-icon-152x152.png differ diff --git a/apple-touch-icon-180x180.png b/apple-touch-icon-180x180.png index 624fd8bb..6ba78ca4 100644 Binary files a/apple-touch-icon-180x180.png and b/apple-touch-icon-180x180.png differ diff --git a/apple-touch-icon-60x60.png b/apple-touch-icon-60x60.png index abd165e1..c718b337 100644 Binary files a/apple-touch-icon-60x60.png and b/apple-touch-icon-60x60.png differ diff --git a/apple-touch-icon-76x76.png b/apple-touch-icon-76x76.png index 12007b21..42e0dea9 100644 Binary files a/apple-touch-icon-76x76.png and b/apple-touch-icon-76x76.png differ diff --git a/apple-touch-icon.png b/apple-touch-icon.png index 6306d880..a508744b 100644 Binary files a/apple-touch-icon.png and b/apple-touch-icon.png differ diff --git a/articles/custom_engine.html b/articles/custom_engine.html index cb3fb9d2..4e6462f6 100644 --- a/articles/custom_engine.html +++ b/articles/custom_engine.html @@ -165,8 +165,8 @@

Customizing the mutation engine#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved #> done #> Building repeated sequence index... -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:09s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:13s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:13s] RS index built -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [█████████-------------------------------] 21% [00m:01s] Saving RS index [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:02s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index saved +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:09s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:13s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:13s] RS index built +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [███████████████████████-----------------] 56% [00m:01s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved #> done #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved @@ -213,12 +213,12 @@

The Context Index#> Downloading germline mutations... #> Germline mutations downloaded #> Building context index... -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved #> done #> Building repeated sequence index... -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:09s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:10s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:14s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:14s] RS index built -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:10s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:14s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:14s] RS index built +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [███████████████████████-----------------] 56% [00m:01s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved #> done #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved @@ -232,10 +232,10 @@

The Context Index# and setting context_sampling to 50 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo", context_sampling = 50) #> Building context index... -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█████████████---------------------------] 32% [00m:01s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 65% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] Context index built +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] Context index built #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved #> done -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index [██████████████████----------------------] 44% [00m:01s] Loading RS index [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:02s] Loading RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index [█████████████████-----------------------] 41% [00m:01s] Loading RS index [████████████████████████████████--------] 79% [00m:02s] Loading RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded

Above call uses the already downloaded data in the directory "demo" to build the context and produces the file @@ -279,8 +279,8 @@

The Repeated Sequence Index= 10000000) #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded #> Building repeated sequence index... -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:10s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:11s] RS index built -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [█---------------------------------------] 1% [00m:01s] Saving RS index [████████--------------------------------] 19% [00m:02s] Saving RS index [███████████████-------------------------] 37% [00m:03s] Saving RS index [███████████████████████-----------------] 56% [00m:04s] Saving RS index [██████████████████████████████----------] 73% [00m:05s] Saving RS index [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:06s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:07s] RS index saved +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:09s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:11s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:11s] RS index built +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [█---------------------------------------] 1% [00m:01s] Saving RS index [██████████------------------------------] 23% [00m:02s] Saving RS index [████████████████████--------------------] 48% [00m:03s] Saving RS index [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:04s] Saving RS index [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:05s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:05s] RS index saved #> done #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded

Above call uses the already downloaded data in the directory diff --git a/articles/growth_models.html b/articles/growth_models.html index 77429fab..819b97c0 100644 --- a/articles/growth_models.html +++ b/articles/growth_models.html @@ -278,7 +278,7 @@

“Border” Growth # Let the simulation evolve until "B+" consists of 5000 cells sim$run_up_to_size("B+", 5000) -#> [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:00s] Cells: 69389 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot +#> [██████----------------------------------] 14% [00m:00s] Cells: 56311 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot ncells <- 0.9 * bbox_width * bbox_width diff --git a/articles/infinite_site_model.html b/articles/infinite_site_model.html index ef3bf81d..6f1abbd3 100644 --- a/articles/infinite_site_model.html +++ b/articles/infinite_site_model.html @@ -174,7 +174,7 @@ # place the mutations on the same samples forest used above phylo_forest2 <- m_engine$place_mutations(samples_forest, 1000, 500) -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [████------------------------------------] 9% [00m:01s] Placing mutations [█████████-------------------------------] 20% [00m:02s] Placing mutations [█████████████---------------------------] 31% [00m:03s] Placing mutations [██████████████████----------------------] 43% [00m:04s] Placing mutations [███████████████████████-----------------] 55% [00m:05s] Placing mutations [███████████████████████████-------------] 66% [00m:06s] Placing mutations [██████████████████████████████----------] 74% [00m:07s] Placing mutations [███████████████████████████████---------] 76% [00m:08s] Placing mutations [████████████████████████████████--------] 79% [00m:09s] Placing mutations [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:11s] Placing mutations [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:12s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] Mutations placed +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [█████-----------------------------------] 10% [00m:01s] Placing mutations [█████████-------------------------------] 21% [00m:02s] Placing mutations [█████████████---------------------------] 32% [00m:03s] Placing mutations [██████████████████----------------------] 44% [00m:04s] Placing mutations [███████████████████████-----------------] 56% [00m:05s] Placing mutations [████████████████████████████------------] 68% [00m:06s] Placing mutations [███████████████████████████████---------] 75% [00m:07s] Placing mutations [████████████████████████████████--------] 78% [00m:08s] Placing mutations [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:09s] Placing mutations [████████████████████████████████████----] 89% [00m:10s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:11s] Mutations placed # test whether the infinite sites conditions hold in the new forest test_infinite_sites_model(phylo_forest2) diff --git a/articles/mutations.html b/articles/mutations.html index fc9a99ed..85137a01 100644 --- a/articles/mutations.html +++ b/articles/mutations.html @@ -147,7 +147,7 @@

Setting Up Mutation Engine#> done #> Building repeated sequence index... #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:12s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] RS index built -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [███████████████████████-----------------] 55% [00m:01s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [█████████████████████████---------------] 61% [00m:01s] Saving RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved #> done #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved @@ -185,7 +185,7 @@

Setting Up Mutation Engine# building a mutation engine by using the "demo" set-up configuration m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo") #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index [██████████████████----------------------] 44% [00m:01s] Loading RS index [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:02s] Loading RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index [███████████████████---------------------] 45% [00m:01s] Loading RS index [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:02s] Loading RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded #> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded

Mutant Genetic Characterization @@ -275,9 +275,9 @@

Mutant Genetic Characterization#> intersect, setdiff, setequal, union m_engine$get_known_drivers() %>% filter(chr == "22") -#> chr from to ref alt mutation_type tumor_type driver_gene -#> 1 22 30057302 30057302 C T SNV OV NF2 -#> 2 22 30057302 30057302 C T SNV OV NF2 +#> chr from to ref alt mutation_type tumour_type driver_gene +#> 1 22 30057302 30057302 C T SNV OV NF2 +#> 2 22 30057302 30057302 C T SNV OV NF2 #> driver_code #> 1 NF2 R221* #> 2 NF2 R262*

@@ -550,7 +550,7 @@

Building Phylogenetic Forests# place mutations on the sample forest assuming 1000 pre-neoplastic SNVs and # 500 indels phylo_forest <- m_engine$place_mutations(samples_forest, 1000, 500) -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [█████-----------------------------------] 11% [00m:01s] Placing mutations [█████████-------------------------------] 22% [00m:02s] Placing mutations [██████████████--------------------------] 33% [00m:03s] Placing mutations [█████████████████-----------------------] 42% [00m:04s] Placing mutations [██████████████████████------------------] 54% [00m:05s] Placing mutations [███████████████████████████-------------] 66% [00m:06s] Placing mutations [██████████████████████████████----------] 74% [00m:07s] Placing mutations [███████████████████████████████---------] 77% [00m:08s] Placing mutations [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:09s] Placing mutations [██████████████████████████████████------] 83% [00m:10s] Placing mutations [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:11s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] Mutations placed +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [█████-----------------------------------] 11% [00m:01s] Placing mutations [█████████-------------------------------] 22% [00m:02s] Placing mutations [██████████████--------------------------] 33% [00m:03s] Placing mutations [███████████████████---------------------] 45% [00m:04s] Placing mutations [███████████████████████-----------------] 57% [00m:05s] Placing mutations [████████████████████████████------------] 68% [00m:06s] Placing mutations [███████████████████████████████---------] 75% [00m:07s] Placing mutations [████████████████████████████████--------] 78% [00m:08s] Placing mutations [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:09s] Placing mutations [████████████████████████████████████----] 88% [00m:10s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 99% [00m:12s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] Mutations placed phylo_forest #> PhylogeneticForest @@ -711,11 +711,11 @@

Storing Phylogenetic Forests
 # save the phylogenetic forest in the file "phylo_forest.sff"
 phylo_forest$save("phylo_forest.sff")
-#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving forest [█---------------------------------------] 1% [00m:01s] Saving forest [█████████████---------------------------] 32% [00m:02s] Saving forest [███████████████████████████-------------] 65% [00m:03s] Saving forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:04s] Forest saved
+#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving forest [██--------------------------------------] 4% [00m:01s] Saving forest [████████████████------------------------] 39% [00m:02s] Saving forest [██████████████████████████████----------] 74% [00m:03s] Saving forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] Forest saved
 
 # loading the saved forest
 loaded_phylo_forest <- load_phylogenetic_forest("phylo_forest.sff")
-#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest [█████-----------------------------------] 10% [00m:01s] Loading forest [█████████-------------------------------] 21% [00m:02s] Loading forest [█████████████---------------------------] 32% [00m:03s] Loading forest [█████████████████-----------------------] 42% [00m:04s] Loading forest [██████████████████████------------------] 52% [00m:05s] Loading forest [██████████████████████████--------------] 64% [00m:06s] Loading forest [██████████████████████████████----------] 74% [00m:07s] Loading forest [██████████████████████████████████------] 84% [00m:08s] Loading forest [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:09s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:10s] Forest loaded
+#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest [█████-----------------------------------] 10% [00m:01s] Loading forest [█████████-------------------------------] 20% [00m:02s] Loading forest [█████████████---------------------------] 30% [00m:03s] Loading forest [█████████████████-----------------------] 41% [00m:04s] Loading forest [█████████████████████-------------------] 52% [00m:05s] Loading forest [██████████████████████████--------------] 63% [00m:06s] Loading forest [██████████████████████████████----------] 73% [00m:07s] Loading forest [██████████████████████████████████------] 83% [00m:08s] Loading forest [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:09s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:10s] Forest loaded
 
 loaded_phylo_forest
 #> PhylogeneticForest
@@ -726,6 +726,23 @@ 
Storing Phylogenetic Forests#> 
 #>   # of emerged SNVs and indels: 164747
 #>   # of emerged CNAs: 2
+ +
+

Getting and Setting the Reference Genome Path +

+

The phylogenetic forest object contains the reference genome FASTA +file path. The methods +PhylogeneticForest$get_reference_path() and +PhylogeneticForest$set_reference_path() can be used to get +the path and set it, respectively.

+
+phylo_forest$get_reference_path()
+#> [1] "/Users/alberto/Library/CloudStorage/Dropbox/Lavoro/Code/rRACES/rRACES/vignettes/demo/reference.fasta"
+
+phylo_forest$set_reference_path("demo/reference.fasta")
+
+phylo_forest$get_reference_path()
+#> [1] "/Users/alberto/Library/CloudStorage/Dropbox/Lavoro/Code/rRACES/rRACES/vignettes/demo/reference.fasta"
Alexandrov, Ludmil B, Jaegil Kim, Nicholas J Haradhvala, Mi Ni Huang, diff --git a/articles/rRACES.html b/articles/rRACES.html index 65b122df..478f8ea4 100644 --- a/articles/rRACES.html +++ b/articles/rRACES.html @@ -218,12 +218,6 @@

Sequencing data generationCheatsheet

thumbnail of rRACES cheatsheet

- - - - - -
+#> [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:00s] Cells: 49785 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot @@ -281,7 +281,7 @@

Randomised multi-region samples sim$place_cell("A", 500, 500) sim$run_up_to_size("A", 60000) -#> [████████████████████████████████--------] 79% [00m:00s] Cells: 47663 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot +#> [████████████████████████████████--------] 79% [00m:00s] Cells: 47513 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot

We include a new mutant and let it grow. This new mutant has much higher growth rates than its ancestor.

 @@ -432,7 +432,7 @@

Two populations with epigenetic s # let it grow more time units sim$run_up_to_size("B+", 7000) -#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot +#> [█████████████████████████---------------] 62% [00m:00s] Cells: 50768 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot plot_tissue(sim, num_of_bins = 500)

diff --git a/articles/sequencing.html b/articles/sequencing.html index 5feb8483..d886823b 100644 --- a/articles/sequencing.html +++ b/articles/sequencing.html @@ -106,7 +106,7 @@

Sequencing Simulationlibrary(rRACES) phylo_forest <- load_phylogenetic_forest("phylo_forest.sff") -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest [████------------------------------------] 9% [00m:01s] Loading forest [████████--------------------------------] 19% [00m:02s] Loading forest [███████████-----------------------------] 26% [00m:03s] Loading forest [██████████████--------------------------] 33% [00m:05s] Loading forest [█████████████████-----------------------] 42% [00m:06s] Loading forest [██████████████████████------------------] 52% [00m:07s] Loading forest [██████████████████████████--------------] 63% [00m:08s] Loading forest [██████████████████████████████----------] 73% [00m:09s] Loading forest [██████████████████████████████████------] 83% [00m:10s] Loading forest [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:11s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] Forest loaded +#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest [████------------------------------------] 9% [00m:01s] Loading forest [█████████-------------------------------] 20% [00m:02s] Loading forest [█████████████---------------------------] 31% [00m:03s] Loading forest [█████████████████-----------------------] 41% [00m:04s] Loading forest [█████████████████████-------------------] 50% [00m:05s] Loading forest [█████████████████████████---------------] 60% [00m:06s] Loading forest [█████████████████████████████-----------] 70% [00m:07s] Loading forest [████████████████████████████████--------] 79% [00m:08s] Loading forest [████████████████████████████████████----] 88% [00m:09s] Loading forest [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:10s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:11s] Forest loaded phylo_forest #> PhylogeneticForest @@ -125,7 +125,7 @@

Sequencing Simulation
 # let us simulate a 2.5x sequencing of the four sample
 seq_results <- simulate_seq(phylo_forest, coverage = 2.5)
-#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 1% [00m:02s] Processing chr. 22 [█████-----------------------------------] 12% [00m:03s] Processing chr. 22 [██████████------------------------------] 23% [00m:04s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 34% [00m:05s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 45% [00m:06s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 52% [00m:07s] Processing chr. 22 [█████████████████████████---------------] 60% [00m:08s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:09s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████----------] 74% [00m:10s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:11s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:12s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:13s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:14s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:15s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:16s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:17s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:18s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:19s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:20s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:21s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:22s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:23s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:24s] Read simulated
+#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 [████------------------------------------] 9% [00m:03s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 20% [00m:04s] Processing chr. 22 [█████████████---------------------------] 30% [00m:05s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 41% [00m:06s] Processing chr. 22 [████████████████████--------------------] 49% [00m:07s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 55% [00m:08s] Processing chr. 22 [█████████████████████████---------------] 62% [00m:09s] Processing chr. 22 [████████████████████████████------------] 68% [00m:10s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:11s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:12s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:13s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:14s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:15s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:16s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:17s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:18s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:19s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:20s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:21s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:22s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:23s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:24s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:26s] Read simulated
 
 # let us load the dplyr library to filter the `simulate_seq` output
 library(dplyr)
@@ -195,7 +195,7 @@ 
Saving the Simulated Reads
 
 seq_results <- simulate_seq(phylo_forest, coverage = 2.5, write_SAM = TRUE)
-#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 7% [00m:02s] Processing chr. 22 [██████----------------------------------] 14% [00m:03s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 21% [00m:04s] Processing chr. 22 [████████████----------------------------] 28% [00m:05s] Processing chr. 22 [███████████████-------------------------] 36% [00m:06s] Processing chr. 22 [██████████████████----------------------] 43% [00m:07s] Processing chr. 22 [████████████████████--------------------] 49% [00m:08s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:09s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:10s] Processing chr. 22 [██████████████████████████--------------] 63% [00m:11s] Processing chr. 22 [████████████████████████████------------] 68% [00m:12s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:13s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 77% [00m:14s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:15s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:16s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:17s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:18s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:19s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:20s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:21s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:22s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:23s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:24s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:25s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:26s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:27s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:28s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:29s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:36s] Read simulated
+#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 6% [00m:02s] Processing chr. 22 [█████-----------------------------------] 12% [00m:03s] Processing chr. 22 [████████--------------------------------] 18% [00m:04s] Processing chr. 22 [██████████------------------------------] 23% [00m:05s] Processing chr. 22 [████████████----------------------------] 29% [00m:06s] Processing chr. 22 [███████████████-------------------------] 35% [00m:07s] Processing chr. 22 [████████████████------------------------] 38% [00m:08s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 45% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:11s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 55% [00m:12s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:13s] Processing chr. 22 [██████████████████████████--------------] 63% [00m:14s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:15s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:16s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:17s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 78% [00m:18s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:19s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:20s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:21s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:22s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:23s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:24s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:25s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:26s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:27s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:28s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:29s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:30s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:31s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:32s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:38s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:39s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:40s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:41s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:42s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:44s] Read simulated
 
 sam_files <- list.files("rRACES_SAM/")
 
@@ -242,7 +242,7 @@ 
Sample Purity# tumour cells
 seq_results <- simulate_seq(phylo_forest, coverage = 2.5, purity = 0.7,
                             write_SAM = TRUE, output_dir = "SAM_0.7")
-#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 1% [00m:02s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 5% [00m:03s] Processing chr. 22 [█████-----------------------------------] 11% [00m:04s] Processing chr. 22 [███████---------------------------------] 17% [00m:05s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 25% [00m:06s] Processing chr. 22 [█████████████---------------------------] 32% [00m:07s] Processing chr. 22 [████████████████------------------------] 39% [00m:08s] Processing chr. 22 [██████████████████----------------------] 44% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:10s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:11s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:12s] Processing chr. 22 [█████████████████████████---------------] 61% [00m:13s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 65% [00m:14s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 70% [00m:15s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:16s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 78% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:18s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:19s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:20s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:21s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:22s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:23s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:24s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:25s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:26s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:27s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:28s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:29s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:38s] Read simulated
+#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 6% [00m:03s] Processing chr. 22 [██████----------------------------------] 13% [00m:04s] Processing chr. 22 [████████--------------------------------] 19% [00m:05s] Processing chr. 22 [██████████------------------------------] 24% [00m:06s] Processing chr. 22 [█████████████---------------------------] 31% [00m:07s] Processing chr. 22 [████████████████------------------------] 38% [00m:08s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 45% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:10s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:11s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:12s] Processing chr. 22 [██████████████████████████--------------] 63% [00m:13s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:14s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:15s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:16s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 78% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:18s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:19s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:20s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:21s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:22s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:23s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:24s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:25s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:26s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:27s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:28s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:29s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:38s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:40s] Read simulated
 
 sam_files <- list.files("SAM_0.7/")
 
@@ -330,7 +330,7 @@ 
Chromosome Sequencing# X of the four sample
 seq_results <- simulate_seq(phylo_forest, chromosomes = c("22", "X"),
                             coverage = 2.5, write_SAM = TRUE)
-#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 7% [00m:03s] Processing chr. 22 [██████----------------------------------] 13% [00m:04s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 20% [00m:05s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 27% [00m:06s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 33% [00m:07s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:08s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 45% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:10s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:11s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:12s] Processing chr. 22 [█████████████████████████---------------] 62% [00m:13s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:14s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:15s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:16s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 78% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:18s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:19s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:20s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:21s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:22s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:23s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:24s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:25s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:26s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:27s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:28s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:29s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:38s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:41s] Read simulated

+#>  [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 6% [00m:03s] Processing chr. 22 [█████-----------------------------------] 12% [00m:04s] Processing chr. 22 [████████--------------------------------] 19% [00m:05s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 22% [00m:06s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 27% [00m:07s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 33% [00m:08s] Processing chr. 22 [████████████████------------------------] 39% [00m:09s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 45% [00m:10s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:11s] Processing chr. 22 [██████████████████████------------------] 54% [00m:12s] Processing chr. 22 [████████████████████████----------------] 58% [00m:13s] Processing chr. 22 [██████████████████████████--------------] 63% [00m:14s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:15s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:16s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 76% [00m:17s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:18s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:19s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:20s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:21s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:22s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:23s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:24s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:25s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:26s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:27s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:28s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:29s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:30s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:38s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:39s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:41s] Read simulated

Updating the SAM Output Directory @@ -361,7 +361,7 @@

Updating the SAM Output Directory# the output directory seq_results <- simulate_seq(phylo_forest, coverage = 2.5, write_SAM = TRUE, update_SAM = TRUE) -#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 6% [00m:02s] Processing chr. 22 [██████----------------------------------] 13% [00m:03s] Processing chr. 22 [████████--------------------------------] 18% [00m:04s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 25% [00m:05s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 33% [00m:06s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:07s] Processing chr. 22 [████████████████████--------------------] 48% [00m:09s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 52% [00m:10s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 57% [00m:11s] Processing chr. 22 [█████████████████████████---------------] 62% [00m:12s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 66% [00m:13s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████-----------] 71% [00m:14s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:15s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:16s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:18s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:19s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:20s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:21s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:22s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:23s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:24s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:25s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:26s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:27s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:28s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:29s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:39s] Read simulated

+#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22 [█---------------------------------------] 1% [00m:01s] Processing chr. 22 [███-------------------------------------] 7% [00m:02s] Processing chr. 22 [██████----------------------------------] 14% [00m:03s] Processing chr. 22 [█████████-------------------------------] 21% [00m:04s] Processing chr. 22 [███████████-----------------------------] 27% [00m:05s] Processing chr. 22 [██████████████--------------------------] 34% [00m:06s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 41% [00m:07s] Processing chr. 22 [███████████████████---------------------] 47% [00m:08s] Processing chr. 22 [█████████████████████-------------------] 52% [00m:09s] Processing chr. 22 [███████████████████████-----------------] 56% [00m:10s] Processing chr. 22 [█████████████████████████---------------] 60% [00m:11s] Processing chr. 22 [███████████████████████████-------------] 65% [00m:12s] Processing chr. 22 [████████████████████████████------------] 69% [00m:13s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:14s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 78% [00m:15s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:16s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:17s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:18s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████------] 84% [00m:19s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:20s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:21s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:22s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:23s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:24s] Processing chr. 22 [██████████████████████████████████████--] 94% [00m:25s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 95% [00m:26s] Processing chr. 22 [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:27s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:28s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:29s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:30s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:38s] Read simulated

When the output directory already contains a SAM file associated with a chromosome, the alignments on that chromosome are saved in a file whose name is the first available, having the format diff --git a/articles/time_series.html b/articles/time_series.html index c8cc44a0..ec1da2ff 100644 --- a/articles/time_series.html +++ b/articles/time_series.html @@ -213,7 +213,7 @@

Custom Time-Seriessim$mutate_progeny(sim$choose_cell_in("A"), "D") sim$run_up_to_size("D+", 1000) -#> [██████████████████████████--------------] 64% [00m:00s] Cells: 34149 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot +#> [███████████████████████████-------------] 67% [00m:00s] Cells: 34886 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot

The time-series can be plot using plot_timeseries().

 # Time-series plot
@@ -299,7 +299,7 @@ 
Time-Varying Evolutionary Rates
 # Now D will become larger
 sim$run_up_to_size("D+", 6000)
-#>  [████████████████████████----------------] 58% [00m:00s] Cells: 52283 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot
+#>  [███████████████████████████-------------] 65% [00m:00s] Cells: 58001 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot
 
 # Current state
 sim
diff --git a/favicon-16x16.png b/favicon-16x16.png
index 02721f6f..11e26a5e 100644
Binary files a/favicon-16x16.png and b/favicon-16x16.png differ
diff --git a/favicon-32x32.png b/favicon-32x32.png
index de4e7604..6e5ff455 100644
Binary files a/favicon-32x32.png and b/favicon-32x32.png differ
diff --git a/pkgdown.yml b/pkgdown.yml
index 53235224..9bb665b7 100644
--- a/pkgdown.yml
+++ b/pkgdown.yml
@@ -15,7 +15,7 @@ articles:
   three_sampling: three_sampling.html
   time_series: time_series.html
   tissue_simulation: tissue_simulation.html
-last_built: 2024-05-23T09:03Z
+last_built: 2024-05-29T17:40Z
 urls:
   reference: https://caravagnalab.github.io/rRACES/reference
   article: https://caravagnalab.github.io/rRACES/articles
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-add_exposure.html b/reference/MutationEngine-cash-add_exposure.html
index e4b67e2a..3c896ba4 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-add_exposure.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-add_exposure.html
@@ -104,15 +104,15 @@ 
Examples#> Downloading germline mutations...
 #> Germline mutations downloaded
 #> Building context index...
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22                                                                                                                                  

 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Processing chr. 22                                                                                                                                  

 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:03s] Processing chr. 22                                                                                                                                  

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] Context index built                                                                                                                                

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index                                                                                                                                 

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved                                                                                                                                

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22                                                                                        

 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Processing chr. 22                                                                                        

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built                                                                                      

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index                                                                                       

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved                                                                                      

 #> done
 #> Building repeated sequence index...
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:10s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:14s] Processing chr. 22                                                                                                                                   

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:14s] RS index built                                                                                                                                     

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index                                                                                                                                      

 [█████████████████-----------------------] 41% [00m:01s] Saving RS index                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved                                                                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:09s] Processing chr. 22                                                                                         

 [█---------------------------------------] 0% [00m:12s] Processing chr. 22                                                                                         

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] RS index built                                                                                           

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index                                                                                            

 [██████████████████████------------------] 54% [00m:01s] Saving RS index                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved                                                                                           

 #> done
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline                                                                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved                                                                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline                                                                                            

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved                                                                                           

 
 # add a default set of coefficients that will be used from simulated
 # time 0 up to the successive coefficient change. The indel and SNV
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-add_mutant.html b/reference/MutationEngine-cash-add_mutant.html
index fbc6b504..d40abb96 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-add_mutant.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-add_mutant.html
@@ -89,9 +89,9 @@ 
DetailsExamples

     
# create a demostrative mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [██████████████████----------------------] 43% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [███████████████████---------------------] 46% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # add the mutant "A" characterized by one driver SNV on chromosome 22 and
 # two CNAs: an amplification and a deletion. The mutant has two epigenetic
@@ -106,13 +106,13 @@ 
Examples                                       chr_pos = 10303470,
                                        len = 200000),
                                    CNA("D", "22", 5010000, 200000)))
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "A" SNVs                                                                                                                                  

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                                                                                                                             

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                                                           

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22                                                                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] "A" SNVs retrieved                                                                                                                                 

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "A" SNVs                                                                                        

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                 

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                 

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] "A" SNVs retrieved                                                                                       

 
 # add the mutant "B" characterized by one driver SNV on chromosome 1 (no
 # CNA) and missing epigenetic state. Its species "B" has passenger SNV
 # rate 5e-9 and passenger CNA rate 0.
 m_engine$add_mutant("B", c(SNV = 5e-9), list(SNV("22", 10510210, "C")))
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "B" SNVs                                                                                                                                  

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                                                                                                                             

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                                                           

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22                                                                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] "B" SNVs retrieved                                                                                                                                 

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "B" SNVs                                                                                        

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                 

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22                                                                                                 

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] "B" SNVs retrieved                                                                                       

 
 m_engine
 #> MutationEngine
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-get_SNV_signatures.html b/reference/MutationEngine-cash-get_SNV_signatures.html
index 771ee169..cbe5595b 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-get_SNV_signatures.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-get_SNV_signatures.html
@@ -86,9 +86,9 @@ 
DetailsExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████████---------------------] 45% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [█████████████████-----------------------] 42% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # get the indel dataframe
 head(m_engine$get_SNV_signatures(), 5)
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-get_active_germline.html b/reference/MutationEngine-cash-get_active_germline.html
index d86e23b4..a18bdf91 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-get_active_germline.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-get_active_germline.html
@@ -86,9 +86,9 @@ 
See alsoExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████████---------------------] 47% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [███████████████████---------------------] 46% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # get the active germline subject dataframe
 head(m_engine$get_active_germline(), 5)
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-get_germline_subjects.html b/reference/MutationEngine-cash-get_germline_subjects.html
index 9a7b70c0..181d6aed 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-get_germline_subjects.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-get_germline_subjects.html
@@ -86,9 +86,9 @@ 
See alsoExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [██████████████████----------------------] 43% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # get the active germline subject dataframe
 head(m_engine$get_germline_subjects(), 5)
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-get_indel_signatures.html b/reference/MutationEngine-cash-get_indel_signatures.html
index f1869cbe..e7241fcd 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-get_indel_signatures.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-get_indel_signatures.html
@@ -85,9 +85,9 @@ 
DetailsExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████████---------------------] 47% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [█████████████████████████████████████---] 91% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [██████████████████----------------------] 43% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # get the indel dataframe
 head(m_engine$get_indel_signatures(), 5)
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-get_known_drivers.html b/reference/MutationEngine-cash-get_known_drivers.html
index 75a3a71b..3a72e422 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-get_known_drivers.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-get_known_drivers.html
@@ -96,18 +96,18 @@ 
See alsoExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████████---------------------] 46% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [██████████████████████████████----------] 74% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [██████████████████----------------------] 44% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [███████████████████████████████████-----] 86% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # get the known driver dataframe
 head(m_engine$get_known_drivers(), 5)
-#>   chr      from        to     ref alt mutation_type tumor_type driver_gene
-#> 1   1 115256502 115256508 TGGTCTC   -         indel       PACA        NRAS
-#> 2   1 115256502 115256508 TGGTCTC   -         indel       PACA        NRAS
-#> 3   1 115256528 115256528       T   G           SNV       MALY        NRAS
-#> 4   1 115256529 115256529       T   C           SNV       MELA        NRAS
-#> 5   1 115256528 115256528       T   G           SNV       MALY        NRAS
+#>   chr      from        to     ref alt mutation_type tumour_type driver_gene
+#> 1   1 115256502 115256508 TGGTCTC   -         indel        PACA        NRAS
+#> 2   1 115256502 115256508 TGGTCTC   -         indel        PACA        NRAS
+#> 3   1 115256528 115256528       T   G           SNV        MALY        NRAS
+#> 4   1 115256529 115256529       T   C           SNV        MELA        NRAS
+#> 5   1 115256528 115256528       T   G           SNV        MALY        NRAS
 #>   driver_code
 #> 1  NRAS RDQ68
 #> 2    NRAS A66
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-get_population_descritions.html b/reference/MutationEngine-cash-get_population_descritions.html
index 8be43e19..fe78cab0 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-get_population_descritions.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-get_population_descritions.html
@@ -80,9 +80,9 @@ 
DetailsExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████████---------------------] 47% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [█████████████████████████████████-------] 82% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [███████████████████---------------------] 46% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████----] 88% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # get the active germline subject dataframe
 head(m_engine$get_population_descritions(), 5)
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-infinite_sites_model.html b/reference/MutationEngine-cash-infinite_sites_model.html
index f489461c..239e3108 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-infinite_sites_model.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-infinite_sites_model.html
@@ -71,9 +71,9 @@ 
DetailsExamples

     
# create a demostrative mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████-------------------------] 37% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [█████████████████████████████████-------] 80% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [███████████████████---------------------] 47% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # the infinite sites model is enabled by default
 m_engine$infinite_sites_model
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html b/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html
index fa6b2e1f..5159d647 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-place_mutations.html
@@ -112,7 +112,7 @@ 
Examples
 sim$death_activation_level <- 100
 sim$run_up_to_size(species = "A", num_of_cells = 50000)
-#> 
 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot                                                                                                                                    

+#> 
 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot                                                                                          

 
 # sample the region [450,500]x[475,550]
 sim$sample_cells("S1", lower_corner = c(450, 475),
@@ -123,13 +123,13 @@ 
Examples
 # build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [██████████████████----------------------] 44% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [███████████████████---------------------] 46% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # add the mutant "A" to the engine
 m_engine$add_mutant("A", c(SNV = 3e-9), list(SNV("22", 12028576, "G")))
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "A" SNVs                                                                                                                                  

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                                                                                                                             

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                                                           

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22                                                                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] "A" SNVs retrieved                                                                                                                                 

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "A" SNVs                                                                                        

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                                                                                   

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                                                                                 

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22                                                                                                 

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] "A" SNVs retrieved                                                                                       

 
 # add the default set of SNV signature coefficients
 m_engine$add_exposure(c(SBS13 = 0.3, SBS1 = 0.7, ID2 = 0.3, ID21 = 0.5,
@@ -138,7 +138,7 @@ 
Examples# place the mutations on the samples forest assuming 1000 pre-neoplastic
 # SNVs and 500 indels
 phylogenetic_forest <- m_engine$place_mutations(samples_forest, 1000, 500)
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations                                                                                                                                    

 [████████--------------------------------] 18% [00m:01s] Placing mutations                                                                                                                                   

 [███████████████-------------------------] 37% [00m:02s] Placing mutations                                                                                                                                   

 [███████████████████████-----------------] 56% [00m:03s] Placing mutations                                                                                                                                   

 [███████████████████████████████---------] 75% [00m:04s] Placing mutations                                                                                                                                   

 [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:05s] Placing mutations                                                                                                                                   

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:05s] Mutations placed                                                                                                                                   

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations                                                                                          

 [████████--------------------------------] 18% [00m:01s] Placing mutations                                                                                         

 [███████████████-------------------------] 36% [00m:02s] Placing mutations                                                                                         

 [███████████████████████-----------------] 55% [00m:03s] Placing mutations                                                                                         

 [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:04s] Placing mutations                                                                                         

 [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:05s] Placing mutations                                                                                         

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:06s] Mutations placed                                                                                         

 
 phylogenetic_forest
 #> PhylogeneticForest
diff --git a/reference/MutationEngine-cash-set_germline_subject.html b/reference/MutationEngine-cash-set_germline_subject.html
index 4aabbc98..d2710d58 100644
--- a/reference/MutationEngine-cash-set_germline_subject.html
+++ b/reference/MutationEngine-cash-set_germline_subject.html
@@ -83,13 +83,13 @@ 
See alsoExamples

     
# build a mutation engine
 m_engine <- build_mutation_engine(setup_code = "demo")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                                                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                                                               

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                                                                     

 [███████████████-------------------------] 35% [00m:01s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Loading RS index                                                                                                                                    

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                                                                    

-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index                                                                                      

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded                                                                                     

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index                                                                                           

 [█████████████████-----------------------] 42% [00m:01s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████--------] 78% [00m:02s] Loading RS index                                                                                          

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded                                                                                          

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                          

 
 # set the active germline subject dataframe
 m_engine$set_germline_subject("NA18941")
-#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                                                                     

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                                                                                                                    

+#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                                                                           

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded