Protocol Buffers é uma forma simples e agnóstica com relação a linguagem de se definir uma estrutura de dados, como XML só que melhor, mais simples e mais rápido, muito mais rápido.
Alem do nosso material tem muita coisa boa na internet explicando muito bem o funcionamento do Protocol Buffers, não deixe de por exemplo ver os vídeos do Francesc Campoy em JustForFunc