In dir.create(outdir, recursive = T) : cannot create dir '/scRNAtest', reason 'Permission denied'

[znxfdd]

您好，我把第1、2步设置为false，在目录下放了一个整合后的seurat对象rds文件，按视频运行代码，报错In dir.create(outdir, recursive = T) : cannot create dir '/scRNAtest', reason 'Permission denied'。这个是怎么回事呢？感谢！
系统是 ubuntu 20.04和mac 14.2.1 Apple silicon m1 max
[nohup.log](https://github.com/OpenGene/scrnapip/files/13737501/nohup.log

[zhangjing1123]

你好，/scRNAtest/outfile这个目录没有建立的权限； 建议修改输出目录权限【自己有权限的目录】

[znxfdd]

你好，/scRNAtest/outfile这个目录没有建立的权限； 建议修改输出目录权限【自己有权限的目录】

我确认在docker的设置-resources-file sharing里添加了目录，而且目录也开了权限，但仍然有这个报错，并且mac linux windows都会报同样的错。在输入docker exec -ti --user 1000:1000 470080313ba5887fd28f5f972e17e8e0f89567e8d0c8deab77fcf8cf3af4cb45 bash后，进入rstudio,用户名变为rstudio，我运行sudo Rscript /home/bin/singlecell.r -i config_Example.ini，输入密码确认后提示rstudio is not in the sudoers file. This incident will be reported.
有啥可行的解决方法吗？谢谢！

[zhangjing1123]

/scRNAtest/outfile，是不是在-v /XXX:/XXX这个路径之下？

需要确认下，docker run时挂载的数据路径是否有权限

你可以把你docker run 的命令发一下

[znxfdd]

/scRNAtest/outfile，是不是在-v /XXX:/XXX这个路径之下？

需要确认下，docker run时挂载的数据路径是否有权限

你可以把你docker run 的命令发一下

docker run -d -e USERID=1000 -e GROUPID=1000 -v /media/leon/高速数据/TEST:/media/leon/高速数据/TEST zhangjing12/scrnapip

[znxfdd]

我这个路径下是没有文件夹，我放了个seurat对象的rds文件和配置文件

[zhangjing1123]

你参考下这个
docker run -d -e USERID=20022 -e GROUPID=20022 -v /outdir:/outdir -v /indata:/indata zhangjing12/scrnapip

除了读取，写入的路径也是需要挂载的

[znxfdd]

docker run -d -e PASSWORD=xxxxxx -e USERID=1000 -e GROUPID=1000 -v /home/leon/文档/ULSA/outdir:/home/leon/文档/ULSA/outdir -v /home/leon/文档/ULSA/indata:/home/leon/文档/ULSA/indata zhangjing12/scrnapip
运行Rscript /home/bin/singlecell.r -i config_Example.ini还是报错，没有权限。请问您是在服务器上部署的还是本地呢？linux哪个版本呢？

[znxfdd]

docker run -d -e PASSWORD=xxxxxx -e USERID=1000 -e GROUPID=1000 -v /home/leon/文档/ULSA/outdir:/home/leon/文档/ULSA/outdir -v /home/leon/文档/ULSA/indata:/home/leon/文档/ULSA/indata zhangjing12/scrnapip
运行Rscript /home/bin/singlecell.r -i config_Example.ini还是报错，没有权限。请问您是在服务器上部署的还是本地呢？linux哪个版本呢？

[zhangjing1123]

你好，挂载的目录 和 配置文件中的输出目录要一致【你再检查下】
我们是在Linux上跑的；和部署在哪里没有关系的