1. Тогда и проверять на наличие надо не !empty($package['r_content_id']), а !empty($package['id']).
2. Общую сумму закачек можно посчитать. Все-таки интересно еще знать какая именно версия сколько раз была скачена. Тогда можно сделать выборку и посчитать динамику скачек за периоды хотя бы примерно. А так у нас будет только общая информация без понимания снижаются темпы или увеличиваются, и чтобы это решить, придется вообще заводить отдельную таблицу, чтобы записывать каждую закачку отдельно (что вообще наиболее предпочтительно).

Блин, точно... Надо будет еще подумать