Prostorová mohou být uložena buď v souborech nebo v databázových systémech.
Vhodný formát souboru záleží na charakteru dat a nabízených služeb. Prostorová data bývají často velká (řádově GB), proto se pro lepší stahování a menší zátěž na serveru volí různé způsoby kouskování dat (např. po mapových listech, po administrativních jednotkách, letech pořízení, ...).
Rastrová a vektorová data mají několik různých `formátů <>`_ (řádově 100) - záleží na software, ve kterém jsou data vytvořena, kompresních algoritmech a podobně. Je běžnou praxí v GIS konvertovat data mezi formáty.
U obou typů dat je potřeba hlídat, aby zvolený datový formát měl následující vlastnosti:
- Podle typu dat zvládl pracovat i s velkými objemy dat (100 000+ prvků)
- Nesl si informaci o souřadnicovém systému dat
- Zvládl pracovat i s delšími názvy atributů
- Bylo možné automaticky hlídat schema dat
- Byla možná uspokojivá komprese
- Prostorový databázový index
- Byl otevřený (de-facto i de-jure)
Datový formát vhodný pro distribuci dat nemusí být vždycky stejný, jako datový formát vhodný pro publikaci dat.
Nejčastější dnes používané typy vektorových prostorových dat:
- ESRI Shapefile
- OGC GeoPackage
- ISO GML
- GeoJSON
- ...
Nejčastější dnes používané typy rastrových prostorových dat:
- GeoTIFF
- GeoPackage
- JPEG/PNG/TIFF
- ...
Prostorová data se běžně ukládají do databázových systémů (SQL i NoSQL), jako jsou PostgreSQL, Oracle, MSSQL, a další. Bývá to realizováno formou nadstaveb ke standardním databázím.
Ve světě otevřeného software se nejvíce využívá nadstavba Postgis pro databázový systém PostgreSQL
Do databází lze ukládat i rastrová data. To se ale nejvíce využívá pro tzv. cache (předgenerovanou databázi obrázků/dlaždic pro další publikaci) ve formě souborové databáze (nejčastěji postaných okolo technologie SQLite).