From 7e38cd71efe9329e146a38fb849bb6bf4939e48b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: L Laniewski-Wollk <llaniewski@meil.pw.edu.pl>
Date: Fri, 15 Sep 2023 18:52:55 +1000
Subject: [PATCH] Adding clean to apt install

---
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04               |  8 ++++----
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big           | 12 ++++++------
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-11.7 | 14 +++++++-------
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-12.0 | 14 +++++++-------
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.4.1 | 14 +++++++-------
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.6.1 | 14 +++++++-------
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-11.7     | 10 +++++-----
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-12.0     | 10 +++++-----
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.4.1     | 10 +++++-----
 gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.6.1     | 10 +++++-----
 generate.Rt                               |  4 ++--
 11 files changed, 60 insertions(+), 60 deletions(-)

diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04
index 0318f1b..7d171e2 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04
@@ -9,7 +9,7 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
\ No newline at end of file
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big
index baf2b7e..81cbbd7 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big
@@ -9,13 +9,13 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
+        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx && sudo apt-get -y clean 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
 RUN pip3 install vtk
 ENV RETICULATE_PYTHON="/usr/bin/python3" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-11.7 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-11.7
index 678ed23..2f57377 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-11.7
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-11.7
@@ -9,17 +9,17 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo cuda 11.7 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo cuda 11.7 
 ENV CUDA_PATH="/usr/local/cuda-11.7"
 ENV PATH="${CUDA_PATH}/bin:${PATH}"
 ENV LD_LIBRARY_PATH="${CUDA_PATH}/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}" 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
+        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx && sudo apt-get -y clean 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
 RUN pip3 install vtk
 ENV RETICULATE_PYTHON="/usr/bin/python3" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-12.0 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-12.0
index 38b5516..e3d2742 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-12.0
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-cuda-12.0
@@ -9,17 +9,17 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo cuda 12.0 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo cuda 12.0 
 ENV CUDA_PATH="/usr/local/cuda-12.0"
 ENV PATH="${CUDA_PATH}/bin:${PATH}"
 ENV LD_LIBRARY_PATH="${CUDA_PATH}/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}" 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
+        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx && sudo apt-get -y clean 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
 RUN pip3 install vtk
 ENV RETICULATE_PYTHON="/usr/bin/python3" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.4.1 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.4.1
index 22bb0c3..29d061d 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.4.1
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.4.1
@@ -9,14 +9,14 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo hip 5.4.1 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo hip 5.4.1 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
+        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx && sudo apt-get -y clean 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
 RUN pip3 install vtk
 ENV RETICULATE_PYTHON="/usr/bin/python3" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.6.1 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.6.1
index 072bbaa..cc922b7 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.6.1
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-big-hip-5.6.1
@@ -9,14 +9,14 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo hip 5.6.1 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo hip 5.6.1 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
+        libxml2 libxml2-dev libgl1-mesa-glx && sudo apt-get -y clean 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rinside reticulate --rpackage languageserver --rpackage png 
 RUN pip3 install vtk
 ENV RETICULATE_PYTHON="/usr/bin/python3" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-11.7 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-11.7
index 1e0353b..3178535 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-11.7
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-11.7
@@ -9,11 +9,11 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo cuda 11.7 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo cuda 11.7 
 ENV CUDA_PATH="/usr/local/cuda-11.7"
 ENV PATH="${CUDA_PATH}/bin:${PATH}"
 ENV LD_LIBRARY_PATH="${CUDA_PATH}/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-12.0 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-12.0
index 090e24f..d2cc3b2 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-12.0
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-cuda-12.0
@@ -9,11 +9,11 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo cuda 12.0 
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo cuda 12.0 
 ENV CUDA_PATH="/usr/local/cuda-12.0"
 ENV PATH="${CUDA_PATH}/bin:${PATH}"
 ENV LD_LIBRARY_PATH="${CUDA_PATH}/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}" 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.4.1 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.4.1
index e01144d..20962df 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.4.1
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.4.1
@@ -9,8 +9,8 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo hip 5.4.1 
\ No newline at end of file
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo hip 5.4.1 
\ No newline at end of file
diff --git a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.6.1 b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.6.1
index 75d92ea..0d60f93 100644
--- a/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.6.1
+++ b/gen/Dockerfile.ubuntu-22.04-hip-5.6.1
@@ -9,8 +9,8 @@ WORKDIR /home/vscode
 
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        openssh-server python3-pip 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo r 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo openmpi 
-RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small rdep 
-RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --sudo hip 5.6.1 
\ No newline at end of file
+        openssh-server python3-pip && sudo apt-get -y clean 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo r 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo openmpi 
+RUN /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean rdep 
+RUN sudo /tmp/install.sh --group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean --sudo hip 5.6.1 
\ No newline at end of file
diff --git a/generate.Rt b/generate.Rt
index 18e0518..74c8204 100644
--- a/generate.Rt
+++ b/generate.Rt
@@ -24,10 +24,10 @@
         packs = paste(packs, collapse=" "); ?>
 RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive && sudo apt-get update && \
       sudo apt-get -y install --no-install-recommends \
-        <?%s packs ?> <?R
+        <?%s packs ?> && sudo apt-get -y clean <?R
     }
 
-    install_sh_opt = "--group --retry 3 --retry-delay 5 --small"
+    install_sh_opt = "--group --retry 3 --retry-delay 5 --small --clean"
     install_sh = function(packs,sudo=FALSE) {
         packs = paste(packs, collapse=" ");
         if (sudo) { ?>