diff --git a/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_false.md b/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_false.md index 1326ff9..39b357a 100644 --- a/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_false.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |49 ms|------|53 ms|------|--------| +| Read time (all) |48 ms|------|58 ms|------|--------| |0|![10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:512
Y:512
C:3
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T:1|![10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:512
Y:512
C:3
Z:1
T:1|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |15 ms|15 ms| | +| Initialization | |16 ms|15 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.89|2.71| | | getStageLabelX| Image 0 | 0.000 um | 29742.799 um | 29742.799 um | | getStageLabelY| Image 0 | 0.000 um | 17814.582 um | 17814.582 um | diff --git a/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_true.md b/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_true.md index 5657bcb..2c43b29 100644 --- a/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |47 ms|------|55 ms|------|--------| +| Read time (all) |48 ms|------|55 ms|------|--------| |0|![10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1/10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:512
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Y:512
C:3
Z:1
T:1|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |18 ms|17 ms| | +| Initialization | |19 ms|17 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.89|2.71| | | getStageLabelX| Image 0 | 0.000 um | 29742.799 um | 29742.799 um | | getStageLabelY| Image 0 | 0.000 um | 17814.582 um | 17814.582 um | diff --git a/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_false.md b/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_false.md index 4f2973c..0a68921 100644 --- a/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |24 ms|------|33 ms|------|--------| +| Read time (all) |27 ms|------|33 ms|------|--------| |0|![2021-02-25-tulip_Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](2021-02-25-tulip_Airyscan/2021-02-25-tulip_Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1000
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T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_true.md b/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_true.md index 2dacc8b..95a02bb 100644 --- a/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/2021-02-25-tulip_Airyscan.flat_true.stitch_true.md @@ -7,12 +7,12 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |24 ms|------|34 ms|------|--------| +| Read time (all) |23 ms|------|32 ms|------|--------| |0|![2021-02-25-tulip_Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](2021-02-25-tulip_Airyscan/2021-02-25-tulip_Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1000
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T:1|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |4 ms|4 ms| | +| Initialization | |3 ms|4 ms| | | Reader Size (Mb) | |0.13|0.22| | diff --git a/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_false.md b/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_false.md index 7d66f0a..19f1ad1 100644 --- a/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_false.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |85 ms|------|85 ms|------|--------| +| Read time (all) |82 ms|------|82 ms|------|--------| |0|![2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1024
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Y:1024
C:2
Z:21
T:32|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |10 ms|16 ms| | +| Initialization | |19 ms|17 ms| | | Reader Size (Mb) | |0.65|1.35| | | getPlaneDeltaT| Image 0 Plane 42 | 1: ome.units.quantity.Time: value[6508.476219151515], unit[s] stored as java.lang.Double| 2: null | | getPlaneDeltaT| Image 0 Plane 43 | 1: ome.units.quantity.Time: value[6508.476219151515], unit[s] stored as java.lang.Double| 2: null | diff --git a/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_true.md b/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_true.md index 7554611..13130a5 100644 --- a/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |63 ms|------|77 ms|------|--------| +| Read time (all) |74 ms|------|77 ms|------|--------| |0|![2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1024
Y:1024
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T:32|![2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1024
Y:1024
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Z:21
T:32|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |10 ms|19 ms| | +| Initialization | |18 ms|17 ms| | | Reader Size (Mb) | |0.65|1.35| | | getPlaneDeltaT| Image 0 Plane 42 | 1: ome.units.quantity.Time: value[6508.476219151515], unit[s] stored as java.lang.Double| 2: null | | getPlaneDeltaT| Image 0 Plane 43 | 1: ome.units.quantity.Time: value[6508.476219151515], unit[s] stored as java.lang.Double| 2: null | diff --git a/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_false.md b/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_false.md index 4e7cfe0..811f4de 100644 --- a/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_false.md @@ -7,12 +7,12 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |39 ms|------|52 ms|------|--------| +| Read time (all) |38 ms|------|51 ms|------|--------| |0|![20221019_MixedGrain.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](20221019_MixedGrain/20221019_MixedGrain.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1024
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Y:1024
C:2
Z:27
T:1|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |5 ms|4 ms| | +| Initialization | |4 ms|4 ms| | | Reader Size (Mb) | |0.15|0.27| | diff --git a/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_true.md b/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_true.md index 1dce4fd..9ac0fe7 100644 --- a/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/20221019_MixedGrain.flat_true.stitch_true.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |38 ms|------|47 ms|------|--------| +| Read time (all) |37 ms|------|47 ms|------|--------| |0|![20221019_MixedGrain.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](20221019_MixedGrain/20221019_MixedGrain.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1024
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T:1|![20221019_MixedGrain.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](20221019_MixedGrain/20221019_MixedGrain.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1024
Y:1024
C:2
Z:27
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_false.md b/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_false.md index c8cee2d..94fc651 100644 --- a/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |21 ms|------|30 ms|------|--------| +| Read time (all) |21 ms|------|29 ms|------|--------| |0|![20221019_MixedGrain2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](20221019_MixedGrain2/20221019_MixedGrain2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:620
Y:620
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T:1|![20221019_MixedGrain2.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](20221019_MixedGrain2/20221019_MixedGrain2.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:620
Y:620
C:2
Z:51
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_true.md b/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_true.md index cd9e64f..4ff8670 100644 --- a/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/20221019_MixedGrain2.flat_true.stitch_true.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |20 ms|------|29 ms|------|--------| +| Read time (all) |22 ms|------|30 ms|------|--------| |0|![20221019_MixedGrain2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](20221019_MixedGrain2/20221019_MixedGrain2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:620
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T:1|![20221019_MixedGrain2.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](20221019_MixedGrain2/20221019_MixedGrain2.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:620
Y:620
C:2
Z:51
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/Airyscan Lines Pattern.flat_true.stitch_true.md b/compare/Airyscan Lines Pattern.flat_true.stitch_true.md index 8eb2bb3..0d657cf 100644 --- a/compare/Airyscan Lines Pattern.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/Airyscan Lines Pattern.flat_true.stitch_true.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |24 ms|------|34 ms|------|--------| +| Read time (all) |23 ms|------|32 ms|------|--------| |0|![Airyscan Lines Pattern.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](Airyscan Lines Pattern/Airyscan Lines Pattern.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1000
Y:1000
C:1
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T:1|![Airyscan Lines Pattern.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](Airyscan Lines Pattern/Airyscan Lines Pattern.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1000
Y:1000
C:1
Z:1
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/Confocal Lines Pattern.flat_true.stitch_false.md b/compare/Confocal Lines Pattern.flat_true.stitch_false.md index 127b307..8a2d456 100644 --- a/compare/Confocal Lines Pattern.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/Confocal Lines Pattern.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |26 ms|------|35 ms|------|--------| +| Read time (all) |24 ms|------|33 ms|------|--------| |0|![Confocal Lines Pattern.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](Confocal Lines Pattern/Confocal Lines Pattern.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1024
Y:1024
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T:1|![Confocal Lines Pattern.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](Confocal Lines Pattern/Confocal Lines Pattern.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1024
Y:1024
C:1
Z:1
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_false.md b/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_false.md index 0015b1c..7859bb4 100644 --- a/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |1843 ms|------|1137 ms|------|--------| +| Read time (all) |1868 ms|------|1167 ms|------|--------| |0|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1400
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T:1|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1400
Y:900
C:1
Z:56
T:1|0| |1|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_false.series_1.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_false.series_1.jpg)|X:1400
Y:900
C:1
Z:56
T:1|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_false.series_1.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_false.series_1.jpg)|X:1400
Y:900
C:1
Z:56
T:1|0| |2|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_false.series_2.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_false.series_2.jpg)|X:1400
Y:900
C:1
Z:56
T:1|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_false.series_2.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_false.series_2.jpg)|X:1400
Y:900
C:1
Z:56
T:1|0| @@ -45,7 +45,7 @@ | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |67 ms|71 ms| | +| Initialization | |64 ms|56 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.08|3.47| | | getStageLabelX| Image 0 | -3371.350 um | -27.045 um | 3344.305 um | | getStageLabelY| Image 0 | 12412.780 um | 17428.300 um | 5015.520 um | diff --git a/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_true.md b/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_true.md index b8f49f3..ee2dde1 100644 --- a/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/Demo LISH 4x8 15pct 647.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |892 ms|------|798 ms|------|--------| +| Read time (all) |895 ms|------|789 ms|------|--------| |0|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:4969
Y:6254
C:1
Z:56
T:1|![Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](Demo LISH 4x8 15pct 647/Demo LISH 4x8 15pct 647.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:4969
Y:6254
C:1
Z:56
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Y:512
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Y:512
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Z:21
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/RBC_full_one_timepoint.flat_true.stitch_false.md b/compare/RBC_full_one_timepoint.flat_true.stitch_false.md index 3663ae5..714a3fc 100644 --- a/compare/RBC_full_one_timepoint.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/RBC_full_one_timepoint.flat_true.stitch_false.md @@ -7,509 +7,509 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |61 ms|------|91 ms|------|--------| +| Read time (all) |58 ms|------|94 ms|------|--------| |0|![RBC_full_one_timepoint.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](RBC_full_one_timepoint/RBC_full_one_timepoint.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:2048
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Z:834
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T:3|0| @@ -17,7 +17,7 @@ | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |17 ms|17 ms| | +| Initialization | |19 ms|19 ms| | | Reader Size (Mb) | |2.00|2.59| | | getStageLabelName| Image 0 | B2| Scene position #0| | | getStageLabelX| Image 0 | 26975.700 um | 13500.000 um | 13475.700 um | diff --git a/compare/S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.flat_true.stitch_false.md b/compare/S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.flat_true.stitch_false.md index 114ec99..2f0d564 100644 --- a/compare/S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |88 ms|------|118 ms|------|--------| +| Read time (all) |119 ms|------|127 ms|------|--------| |0|![S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1/S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:256
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Z:4
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T:3|![S=2_3x3_T=3_CH=2.quick_false.flat_true.stitch_true.series_2.jpg](S=2_3x3_T=3_CH=2/S=2_3x3_T=3_CH=2.quick_false.flat_true.stitch_true.series_2.jpg)|X:1792
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T:1|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |16 ms|23 ms| | +| Initialization | |17 ms|24 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.97|2.55| | | getStageLabelName| Image 0 | Current-Position| Scene position #0| | | getStageLabelX| Image 0 | 98987.200 um | 49500.000 um | 49487.200 um | diff --git a/compare/T=1_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_false.md b/compare/T=1_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_false.md index 326d3b8..7fe976a 100644 --- a/compare/T=1_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/T=1_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |43 ms|------|46 ms|------|--------| +| Read time (all) |39 ms|------|44 ms|------|--------| |0|![T=1_Z=5_CH=1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](T=1_Z=5_CH=1/T=1_Z=5_CH=1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:256
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T:2|0| # Metadata diff --git a/compare/T=2_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_true.md b/compare/T=2_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_true.md index 38cf68f..49f018b 100644 --- a/compare/T=2_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/T=2_Z=5_CH=1.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |38 ms|------|45 ms|------|--------| +| Read time (all) |39 ms|------|46 ms|------|--------| |0|![T=2_Z=5_CH=1.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](T=2_Z=5_CH=1/T=2_Z=5_CH=1.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:256
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T:2|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |16 ms|15 ms| | +| Initialization | |16 ms|16 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.97|2.59| | | getStageLabelX| Image 0 | 98987.200 um | 49500.000 um | 49487.200 um | | getStageLabelY| Image 0 | 70987.200 um | 35500.000 um | 35487.200 um | diff --git a/compare/T=2_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_true.md b/compare/T=2_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_true.md index 097a064..0baced9 100644 --- a/compare/T=2_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/T=2_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |40 ms|------|52 ms|------|--------| +| Read time (all) |48 ms|------|49 ms|------|--------| |0|![T=2_Z=5_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](T=2_Z=5_CH=2/T=2_Z=5_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:256
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T:2|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |18 ms|17 ms| | +| Initialization | |17 ms|17 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.99|2.61| | | getStageLabelName| Image 0 | Current-Position| Scene position #0| | | getStageLabelX| Image 0 | 98987.200 um | 49500.000 um | 49487.200 um | diff --git a/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_false.md b/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_false.md index 9d4dfd8..ec7a3be 100644 --- a/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_false.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |39 ms|------|53 ms|------|--------| +| Read time (all) |40 ms|------|48 ms|------|--------| |0|![T=3_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](T=3_CH=2/T=3_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:256
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Z:1
T:3|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |17 ms|16 ms| | +| Initialization | |16 ms|16 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.98|2.55| | | getStageLabelName| Image 0 | Current-Position| Scene position #0| | | getStageLabelX| Image 0 | 98987.200 um | 49500.000 um | 49487.200 um | diff --git a/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_true.md b/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_true.md index 5c1167f..850f82c 100644 --- a/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/T=3_CH=2.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |40 ms|------|47 ms|------|--------| +| Read time (all) |41 ms|------|48 ms|------|--------| |0|![T=3_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](T=3_CH=2/T=3_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:256
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Z:1
T:3|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |16 ms|16 ms| | +| Initialization | |19 ms|16 ms| | | Reader Size (Mb) | |1.98|2.55| | | getStageLabelName| Image 0 | Current-Position| Scene position #0| | | getStageLabelX| Image 0 | 98987.200 um | 49500.000 um | 49487.200 um | diff --git a/compare/T=3_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_false.md b/compare/T=3_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_false.md index 256ed2b..eec9f70 100644 --- a/compare/T=3_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/T=3_Z=5_CH=2.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |50 ms|------|49 ms|------|--------| +| Read time (all) |41 ms|------|51 ms|------|--------| |0|![T=3_Z=5_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](T=3_Z=5_CH=2/T=3_Z=5_CH=2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:256
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T:3|![T=3_Z=5_CH=2.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](T=3_Z=5_CH=2/T=3_Z=5_CH=2.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:256
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Z:5
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T:1|0| @@ -207,7 +207,7 @@ | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |124 ms|97 ms| | +| Initialization | |124 ms|82 ms| | | Reader Size (Mb) | |10.85|11.49| | | getImageCount|(No args)|172| 194| | | getStageLabelName| Image 0 | ScanRegion0| Scene position #0| | diff --git a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031.flat_true.stitch_true.md b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031.flat_true.stitch_true.md index f4115bf..fac37b2 100644 --- a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031.flat_true.stitch_true.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |31911 ms|------|41469 ms|------|--------| +| Read time (all) |33657 ms|------|43760 ms|------|--------| |0|![v.zanotelli_20190509_p165_031.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031/v.zanotelli_20190509_p165_031.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:13143
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T:1|0| @@ -30,7 +30,7 @@ | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |59 ms|74 ms| | +| Initialization | |86 ms|70 ms| | | Reader Size (Mb) | |10.07|10.88| | | getStageLabelName| Image 0 | ScanRegion0| Scene position #0| | | getStageLabelX| Image 0 | -74339.607 um | -32465.133 um | 41874.474 um | diff --git a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_false.md b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_false.md index 6092802..0dad8d8 100644 --- a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |44 ms|------|52 ms|------|--------| +| Read time (all) |44 ms|------|56 ms|------|--------| |0|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:541
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Y:705
C:3
Z:1
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_true.md b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_true.md index 2f1af81..e65a2a5 100644 --- a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |60 ms|------|55 ms|------|--------| +| Read time (all) |44 ms|------|55 ms|------|--------| |0|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:541
Y:705
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Z:1
T:1|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:541
Y:705
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Z:1
T:1|0| # Metadata | Method | Parameters | Quick Start Reader | Original Reader | Delta | | -------------------|------------------|--------------------|-----------------|------- | -| Initialization | |8 ms|10 ms| | +| Initialization | |7 ms|10 ms| | | Reader Size (Mb) | |0.85|1.03| | | getStageLabelX| Image 0 | ome.units.quantity.Length: value[0.0], unit[reference frame] stored as java.lang.Double| ome.units.quantity.Length: value[0.0], unit[µm] stored as java.lang.Double| | | getStageLabelY| Image 0 | ome.units.quantity.Length: value[0.0], unit[reference frame] stored as java.lang.Double| ome.units.quantity.Length: value[0.0], unit[µm] stored as java.lang.Double| | diff --git a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_false.md b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_false.md index e1e0ec9..57317d7 100644 --- a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_false.md +++ b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_false.md @@ -7,7 +7,7 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |91 ms|------|113 ms|------|--------| +| Read time (all) |94 ms|------|105 ms|------|--------| |0|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_true.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1585
Y:743
C:3
Z:1
T:1|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_false.flat_true.stitch_false.series_0.jpg)|X:1585
Y:743
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Z:1
T:1|0| # Metadata diff --git a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_true.md b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_true.md index 5c083a2..e5698a1 100644 --- a/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_true.md +++ b/compare/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.flat_true.stitch_true.md @@ -7,14 +7,14 @@ | Series | Quick Start Reader | Size | Original Reader | Size | #Diffs | |-------------------|--------------------|------|-----------------|------|--------| -| Read time (all) |108 ms|------|98 ms|------|--------| +| Read time (all) |94 ms|------|106 ms|------|--------| |0|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_true.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1585
Y:743
C:3
Z:1
T:1|![v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg](v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2/v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.quick_false.flat_true.stitch_true.series_0.jpg)|X:1585
Y:743
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0, 136 section S=1_CH=2.czi - 143 : 0, 143 + 135 : 0, 135 section S=1_CH=2.czi 156 : 0, 156 section S=2_2x2_CH=1.czi 94 : 0, 94 section S=2_2x2_CH=1.czi - 94 : 0, 94 + 111 : 0, 111 section S=2_2x2_T=1_Z=4_CH=1.czi - 94 : 0, 94 + 126 : 0, 126 section S=2_2x2_T=1_Z=4_CH=1.czi - 111 : 0, 111 + 83 : 0, 83 section S=2_2x2_T=3_CH=1.czi - 100 : 0, 100 + 89 : 0, 89 section S=2_2x2_T=3_CH=1.czi 100 : 0, 100 section S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.czi - 95 : 0, 95 + 92 : 0, 92 section S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.czi - 116 : 0, 116 + 111 : 0, 111 section S=2_2x2_Z=4_CH=1.czi 94 : 0, 94 section S=2_2x2_Z=4_CH=1.czi - 105 : 0, 105 + 100 : 0, 100 section S=2_3x3_T=1_Z=4_CH=2.czi - 82 : 0, 82 + 75 : 0, 75 section S=2_3x3_T=1_Z=4_CH=2.czi - 116 : 0, 116 + 115 : 0, 115 section S=2_3x3_T=3_CH=2.czi - 81 : 0, 81 + 67 : 0, 67 section S=2_3x3_T=3_CH=2.czi - 100 : 0, 100 + 105 : 0, 105 section S=2_3x3_T=3_Z=1_CH=2.czi 77 : 0, 77 section S=2_3x3_T=3_Z=1_CH=2.czi - 119 : 0, 119 + 111 : 0, 111 section S=2_T=3_CH=1.czi - 94 : 0, 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T=3_CH=2.czi + 84 : 0, 84 section T=3_Z=5_CH=2.czi 100 : 0, 100 section T=3_Z=5_CH=2.czi - 94 : 0, 94 + 89 : 0, 89 section W96_B2+B4_S=2_T=1=Z=1_C=1_Tile=5x9.czi 57 : 0, 57 section W96_B2+B4_S=2_T=1=Z=1_C=1_Tile=5x9.czi - 95 : 0, 95 + 100 : 0, 100 section W96_B2+B4_S=2_T=2=Z=4_C=3_Tile=5x9.czi - 68 : 0, 68 + 70 : 0, 70 section W96_B2+B4_S=2_T=2=Z=4_C=3_Tile=5x9.czi - 302 : 0, 302 - section Z=5_CH=1.czi - 100 : 0, 100 + 305 : 0, 305 section Z=5_CH=1.czi 93 : 0, 93 - section Z=5_CH=2.czi + section Z=5_CH=1.czi 100 : 0, 100 section Z=5_CH=2.czi + 94 : 0, 94 + section Z=5_CH=2.czi 100 : 0, 100 section RBC_full_one_timepoint.czi - 307 : 0, 307 + 306 : 0, 306 section RBC_full_one_timepoint.czi 300 : 0, 300 section RBC_full_time_series.czi - 520 : 0, 520 + 500 : 0, 500 section RBC_full_time_series.czi - 481 : 0, 481 - section RBC_medium_LLSZ.czi - 600 : 0, 600 + 437 : 0, 437 section RBC_medium_LLSZ.czi 618 : 0, 618 + section RBC_medium_LLSZ.czi + 633 : 0, 633 section RBC_tiny.czi - 300 : 0, 300 + 293 : 0, 293 section RBC_tiny.czi - 378 : 0, 378 + 300 : 0, 300 section 20221019_MixedGrain.czi - 80 : 0, 80 + 100 : 0, 100 section 20221019_MixedGrain.czi 100 : 0, 100 section 20221019_MixedGrain2.czi @@ -362,21 +362,21 @@ section Ph488.czi 100 : 0, 100 section v.zanotelli_20190509_p165_031.czi - 78 : 0, 78 + 66 : 0, 66 section v.zanotelli_20190509_p165_031.czi - 125 : 0, 125 + 81 : 0, 81 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.czi 125 : 0, 125 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.czi - 125 : 0, 125 + 142 : 0, 142 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.czi 125 : 0, 125 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.czi - 137 : 0, 137 + 125 : 0, 125 section 10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.czi - 100 : 0, 100 + 93 : 0, 93 section 10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.czi - 94 : 0, 94 + 89 : 0, 89 section Plate1-Blue-A-12-Scene-3-P3-F2-03.czi 80 : 0, 80 section Plate1-Blue-A-12-Scene-3-P3-F2-03.czi @@ -582,33 +582,33 @@ axisFormat %s section Demo LISH 4x8 15pct 647.czi - 105 : 0, 105 + 87 : 0, 87 section Demo LISH 4x8 15pct 647.czi - 203 : 0, 203 + 213 : 0, 213 section test_gray.czi - 31 : 0, 31 + 35 : 0, 35 section test_gray.czi 75 : 0, 75 section Image_1_2023_08_18__14_32_31_964.czi - 100 : 0, 100 + 87 : 0, 87 section Image_1_2023_08_18__14_32_31_964.czi - 100 : 0, 100 + 114 : 0, 114 section test-plate.czi - 44 : 0, 44 + 52 : 0, 52 section test-plate.czi - 48 : 0, 48 - section P1.czi - 100 : 0, 100 + 46 : 0, 46 section P1.czi 92 : 0, 92 + section P1.czi + 85 : 0, 85 section 2021-02-25-tulip_Airyscan.czi 100 : 0, 100 section 2021-02-25-tulip_Airyscan.czi - 100 : 0, 100 + 133 : 0, 133 section 2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.czi - 160 : 0, 160 + 89 : 0, 89 section 2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.czi - 190 : 0, 190 + 94 : 0, 94 section Airyscan Lines Pattern.czi 133 : 0, 133 section Airyscan Lines Pattern.czi @@ -620,121 +620,121 @@ section S=1_3x3_T=3_Z=4_CH=2.czi 87 : 0, 87 section S=1_3x3_T=3_Z=4_CH=2.czi - 120 : 0, 120 + 136 : 0, 136 section S=1_CH=2.czi - 143 : 0, 143 + 135 : 0, 135 section S=1_CH=2.czi 156 : 0, 156 section S=2_2x2_CH=1.czi 94 : 0, 94 section S=2_2x2_CH=1.czi - 94 : 0, 94 + 111 : 0, 111 section S=2_2x2_T=1_Z=4_CH=1.czi - 94 : 0, 94 + 126 : 0, 126 section S=2_2x2_T=1_Z=4_CH=1.czi - 111 : 0, 111 + 83 : 0, 83 section S=2_2x2_T=3_CH=1.czi - 100 : 0, 100 + 89 : 0, 89 section S=2_2x2_T=3_CH=1.czi 100 : 0, 100 section S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.czi - 95 : 0, 95 + 92 : 0, 92 section S=2_2x2_T=3_Z=4_CH=1.czi - 116 : 0, 116 + 111 : 0, 111 section S=2_2x2_Z=4_CH=1.czi 94 : 0, 94 section S=2_2x2_Z=4_CH=1.czi - 105 : 0, 105 + 100 : 0, 100 section S=2_3x3_T=1_Z=4_CH=2.czi - 82 : 0, 82 + 75 : 0, 75 section S=2_3x3_T=1_Z=4_CH=2.czi - 116 : 0, 116 + 115 : 0, 115 section S=2_3x3_T=3_CH=2.czi - 81 : 0, 81 + 67 : 0, 67 section S=2_3x3_T=3_CH=2.czi - 100 : 0, 100 + 105 : 0, 105 section S=2_3x3_T=3_Z=1_CH=2.czi 77 : 0, 77 section S=2_3x3_T=3_Z=1_CH=2.czi - 119 : 0, 119 + 111 : 0, 111 section S=2_T=3_CH=1.czi - 94 : 0, 94 + 106 : 0, 106 section S=2_T=3_CH=1.czi - 100 : 0, 100 - section S=2_T=3_Z=5_CH=1.czi 94 : 0, 94 section S=2_T=3_Z=5_CH=1.czi - 94 : 0, 94 + 100 : 0, 100 + section S=2_T=3_Z=5_CH=1.czi + 100 : 0, 100 section S=3_1Pos_2Mosaic_T=2=Z=3_CH=2.czi - 77 : 0, 77 + 72 : 0, 72 section S=3_1Pos_2Mosaic_T=2=Z=3_CH=2.czi - 140 : 0, 140 - section S=3_CH=2.czi - 94 : 0, 94 + 134 : 0, 134 section S=3_CH=2.czi 100 : 0, 100 + section S=3_CH=2.czi + 94 : 0, 94 section T=1_CH=2.czi - 168 : 0, 168 + 150 : 0, 150 section T=1_CH=2.czi - 143 : 0, 143 + 141 : 0, 141 section T=1_Z=5_CH=1.czi 100 : 0, 100 section T=1_Z=5_CH=1.czi - 100 : 0, 100 + 106 : 0, 106 section T=2_CH=1.czi 143 : 0, 143 section T=2_CH=1.czi - 143 : 0, 143 + 150 : 0, 150 section T=2_Z=5_CH=1.czi 100 : 0, 100 section T=2_Z=5_CH=1.czi - 93 : 0, 93 + 100 : 0, 100 section T=2_Z=5_CH=2.czi 100 : 0, 100 section T=2_Z=5_CH=2.czi - 94 : 0, 94 - section T=3_CH=2.czi - 94 : 0, 94 + 100 : 0, 100 section T=3_CH=2.czi 100 : 0, 100 + section T=3_CH=2.czi + 84 : 0, 84 section T=3_Z=5_CH=2.czi 100 : 0, 100 section T=3_Z=5_CH=2.czi - 94 : 0, 94 + 89 : 0, 89 section W96_B2+B4_S=2_T=1=Z=1_C=1_Tile=5x9.czi 57 : 0, 57 section W96_B2+B4_S=2_T=1=Z=1_C=1_Tile=5x9.czi - 95 : 0, 95 + 100 : 0, 100 section W96_B2+B4_S=2_T=2=Z=4_C=3_Tile=5x9.czi - 68 : 0, 68 + 70 : 0, 70 section W96_B2+B4_S=2_T=2=Z=4_C=3_Tile=5x9.czi - 302 : 0, 302 - section Z=5_CH=1.czi - 100 : 0, 100 + 305 : 0, 305 section Z=5_CH=1.czi 93 : 0, 93 - section Z=5_CH=2.czi + section Z=5_CH=1.czi 100 : 0, 100 section Z=5_CH=2.czi + 94 : 0, 94 + section Z=5_CH=2.czi 100 : 0, 100 section RBC_full_one_timepoint.czi - 307 : 0, 307 + 306 : 0, 306 section RBC_full_one_timepoint.czi 300 : 0, 300 section RBC_full_time_series.czi - 520 : 0, 520 + 500 : 0, 500 section RBC_full_time_series.czi - 481 : 0, 481 - section RBC_medium_LLSZ.czi - 600 : 0, 600 + 437 : 0, 437 section RBC_medium_LLSZ.czi 618 : 0, 618 + section RBC_medium_LLSZ.czi + 633 : 0, 633 section RBC_tiny.czi - 300 : 0, 300 + 293 : 0, 293 section RBC_tiny.czi - 378 : 0, 378 + 300 : 0, 300 section 20221019_MixedGrain.czi - 80 : 0, 80 + 100 : 0, 100 section 20221019_MixedGrain.czi 100 : 0, 100 section 20221019_MixedGrain2.czi @@ -746,21 +746,21 @@ section Ph488.czi 100 : 0, 100 section v.zanotelli_20190509_p165_031.czi - 78 : 0, 78 + 66 : 0, 66 section v.zanotelli_20190509_p165_031.czi - 125 : 0, 125 + 81 : 0, 81 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.czi 125 : 0, 125 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt1.czi - 125 : 0, 125 + 142 : 0, 142 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.czi 125 : 0, 125 section v.zanotelli_20190509_p165_031_pt2.czi - 137 : 0, 137 + 125 : 0, 125 section 10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.czi - 100 : 0, 100 + 93 : 0, 93 section 10.5 dpc vegfc gapdh Pecam wt 1.czi - 94 : 0, 94 + 89 : 0, 89 section Plate1-Blue-A-12-Scene-3-P3-F2-03.czi 80 : 0, 80 section Plate1-Blue-A-12-Scene-3-P3-F2-03.czi diff --git a/src/main/java/ch/epfl/biop/formats/in/ZeissQuickStartCZIReader.java b/src/main/java/ch/epfl/biop/formats/in/ZeissQuickStartCZIReader.java index d125af7..c5c7306 100644 --- a/src/main/java/ch/epfl/biop/formats/in/ZeissQuickStartCZIReader.java +++ b/src/main/java/ch/epfl/biop/formats/in/ZeissQuickStartCZIReader.java @@ -206,6 +206,7 @@ * lazy loading AND memoization functionality. * * TODO: The key of the cache should contain a ref to the file part + * TODO: sync https://github.com/ome/bioformats/pull/4088 * */ @@ -3094,8 +3095,8 @@ private void setSpaceAndTimeInformation( // of series and of planes // Space : according to czi specs, all blocks are located within a 2D virtual plane // but this plane has a global physical offset, set by the stage location. This is // this offset that we are looking for in the loop below - double offsetXInMicrons = Double.NaN; - double offsetYInMicrons = Double.NaN; + double cornerXAllScenesMicrons = Double.NaN; + double cornerYAllScenesMicrons = Double.NaN; if ((allPositionsInformation.scenes.size()>0)&&(!coreToPixSizeX.get(0).unit().equals(UNITS.REFERENCEFRAME))) { Length minX = null, minY = null; @@ -3114,12 +3115,11 @@ private void setSpaceAndTimeInformation( // of series and of planes } } if (minX!=null) { - offsetXInMicrons = minX.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue(); - offsetYInMicrons = minY.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue(); + cornerXAllScenesMicrons = minX.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue(); + cornerYAllScenesMicrons = minY.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue(); } } - // Let's start to set the space and time information for all core index Map timeStampsResolutionLevel0 = new HashMap<>(); Length planePosXResolutionLevel0 = null; @@ -3221,6 +3221,14 @@ private void setSpaceAndTimeInformation( // of series and of planes planePosX = blocksCorner.x; planePosY = blocksCorner.y; + if (planePosX.unit().equals(UNITS.MICROMETER) && (planePosY.unit().equals(UNITS.MICROMETER))) { + // Let's add a global stage offset, if possible + if ((!Double.isNaN(cornerXAllScenesMicrons))&&(!Double.isNaN(cornerXAllScenesMicrons))) { + planePosX = new Length(planePosX.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue()+cornerXAllScenesMicrons, UNITS.MICROMETER); + planePosY = new Length(planePosY.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue()+cornerYAllScenesMicrons, UNITS.MICROMETER); + } + } + if ((blocksCorner.z!=null)&&(subBlockMetaCorner.z!=null)&&(blocksCorner.z.unit().equals(subBlockMetaCorner.z.unit()))) { Unit u = blocksCorner.z.unit(); planePosZ = new Length(blocksCorner.z.value(u).doubleValue()+subBlockMetaCorner.z.value(u).doubleValue(), u); @@ -3235,38 +3243,6 @@ private void setSpaceAndTimeInformation( // of series and of planes planePosZ = scenePosZ; } - // Look for the min X and Y position from blocks - //planePosX=(blocksCorner.x==null)?subBlockMetaCorner.x:blocksCorner.x; - //planePosY=(blocksCorner.y==null)?subBlockMetaCorner.y:blocksCorner.y; - // To match the previous reader, using the meta instead - /*planePosZ=(subBlockMetaCorner.z==null)?blocksCorner.z:subBlockMetaCorner.z; - // There's an offset potentially - // Scene offset = scenePosX.value(u) scenePosY.value(u) scenePosZ.value(u) - - if (!Double.isNaN(offsetXInMicrons) && (planePosX.unit().equals(UNITS.MICROMETER))) { - planePosX = new Length(offsetXInMicrons + planePosX.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue(), UNITS.MICROMETER); - } - if (!Double.isNaN(offsetYInMicrons) && (planePosY.unit().equals(UNITS.MICROMETER))) { - planePosY = new Length(offsetYInMicrons + planePosY.value(UNITS.MICROMETER).doubleValue(), UNITS.MICROMETER); - } - - if (reader.isLatticeLightSheet()) { - // RAAAAAAAAHHHH! - planePosX = subBlockMetaCorner.x; - planePosY = subBlockMetaCorner.y; - } - - if (planePosZ==null) { - // When xy are in um while z is in reference frame - if (scenePosZ!=null) { - planePosZ = scenePosZ; - } - } else { - if ((planePosZ.equals(blocksCorner.z)) && (scenePosZ != null)) { - Unit u = planePosZ.unit(); - planePosZ = new Length(scenePosZ.value(u).doubleValue() + planePosZ.value(u).doubleValue(), u); - } - }*/ } if (resolutionLevel0) { @@ -4535,5 +4511,4 @@ private boolean isLatticeLightSheet() { return isLatticeLightSheet; } - } diff --git a/src/test/java/ch/epfl/biop/formats/in/CompareReader.java b/src/test/java/ch/epfl/biop/formats/in/CompareReader.java index 07316e1..39497fe 100644 --- a/src/test/java/ch/epfl/biop/formats/in/CompareReader.java +++ b/src/test/java/ch/epfl/biop/formats/in/CompareReader.java @@ -56,7 +56,7 @@ public class CompareReader { "getImageCount", "getChannelSamplesPerPixel")); - public static final double timeStampDifferenceAllowedInS = 0.005; // 5 ms + public static final double timeStampDifferenceAllowedInS = 0.01; // 10 ms public static final double positionDifferenceAllowedInUM = 0.001; // 1nm static long nanoStart; @@ -718,8 +718,9 @@ public static void addIgnoreRule( } public static void main(String... args) { - //DebugTools.setRootLevel("TRACE"); + DebugTools.setRootLevel("TRACE"); DebugTools.setRootLevel("WARN"); + DebugTools.setRootLevel("OFF"); Function decoder = (str) -> { try { @@ -773,11 +774,11 @@ public static void main(String... args) { "https://zenodo.org/record/7015307/files/W96_B2%2BB4_S%3D2_T%3D1%3DZ%3D1_C%3D1_Tile%3D5x9.czi", // 31.3 MB "https://zenodo.org/record/7015307/files/W96_B2%2BB4_S%3D2_T%3D2%3DZ%3D4_C%3D3_Tile%3D5x9.czi", // 737.7 MB "https://zenodo.org/record/7015307/files/Z%3D5_CH%3D1.czi", // 2.0 MB - "https://zenodo.org/record/7015307/files/Z%3D5_CH%3D2.czi", // 2.6 MB*/ + "https://zenodo.org/record/7015307/files/Z%3D5_CH%3D2.czi", // 2.6 MB "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_full_one_timepoint.czi", // 1.0 GB RBC full one timepoint "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_full_time_series.czi", // 3.1 GB RBC full time series "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_medium_LLSZ.czi", // 700 MB RBC series LLSZ - "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_tiny.czi", // 48.9 MB RBC tiny + "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_tiny.czi", // 48.9 MB RBC tiny "https://zenodo.org/record/7260610/files/20221019_MixedGrain.czi", // 113 MB Mixed Grain confocal "https://zenodo.org/record/7260610/files/20221019_MixedGrain2.czi", // 78.6 MB Mixed Grain2 "https://zenodo.org/record/5101351/files/Ph488.czi", // 43.1 MB @@ -800,10 +801,12 @@ public static void main(String... args) { // Set of rules explaining particular choices addIgnoreRule("The quick reader reads the czi stage label name, instead of iterating scene indices."+ - " This fits better with the original CZI file.", IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, - cziURLs, new String[]{"getStageLabelName"}); + " This fits better with the original CZI file.", + IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, + cziURLs, + new String[]{"getStageLabelName"}); - addIgnoreRule("The quick reader reads puts a Z reference frame value in Z, which makes sense because it's " + /*addIgnoreRule("The quick reader reads puts a Z reference frame value in Z, which makes sense because it's " +"the same logic as what's already happening with getPlanePositionX and Y.", IgnoreDiffExplanation.Note.SAME, new String[]{ "https://zenodo.org/record/8263451/files/test_gray.czi", @@ -811,9 +814,10 @@ public static void main(String... args) { }, new String[]{ "getStageLabelName", - }); + });*/ - addIgnoreRule("The quick reader reads the Z location correctly, and not the original reader.", IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, + addIgnoreRule("The quick reader reads the Z location correctly, and not the original reader.", + IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, new String[]{ "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_full_one_timepoint.czi", "https://zenodo.org/record/7117784/files/RBC_full_time_series.czi", @@ -824,7 +828,8 @@ public static void main(String... args) { "getPlanePositionZ", }); - addIgnoreRule("The pixel physical sizes are incorrect for the lower resolution levels in the original reader", IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, + addIgnoreRule("The pixel physical sizes are incorrect for the lower resolution levels in the original reader", + IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, new String[]{ "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_2x2_CH%3D1.czi", @@ -834,56 +839,73 @@ public static void main(String... args) { "getPixelsPhysicalSizeY" }); - addIgnoreRule("getPlaneDeltaT returns a wrong value (timestamp from first series) for the lower resolution levels", IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, + addIgnoreRule("getPlaneDeltaT returns a wrong value (timestamp from first series) for the lower resolution levels", + IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, new String[]{ "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_2x2_CH%3D1.czi", + "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D1_3x3_T%3D3_Z%3D4_CH%3D2.czi" }, new String[]{ "getPlaneDeltaT" }); - addIgnoreRule("The shift is constant in XY because we use the corner position (as specified by Zeiss " - +"subblocks) instead of the center. The shifts equals half the size of the image.", IgnoreDiffExplanation.Note.SAME, + addIgnoreRule( + "GetPlanePositionX&Y returns reference frame units for image > 1 in autostitch false.\n"+ + "The difference is constant for the other locations and stage labels\n"+ + "getStageLabelZ is null with autostich = false", + IgnoreDiffExplanation.Note.SAME, + new String[]{ + "https://zenodo.org/record/8263451/files/Demo%20LISH%204x8%2015pct%20647.czi", + "https://zenodo.org/record/8263451/files/Image_1_2023_08_18__14_32_31_964.czi", + "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D1_3x3_T%3D3_Z%3D4_CH%3D2.czi" + + }, + new String[]{ + "getStageLabelX", "getStageLabelY", "getStageLabelZ", + "getPlanePositionX", "getPlanePositionY" + }); + + addIgnoreRule( + "The plane position difference in X Y is constant for all series", + IgnoreDiffExplanation.Note.SAME, new String[]{ "https://zenodo.org/record/7254229/files/P1.czi", - "https://zenodo.org/record/7015307/files/T%3D1_CH%3D2.czi", - "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_2x2_CH%3D1.czi", + "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D1_3x3_T%3D3_Z%3D4_CH%3D2.czi", "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D1_CH%3D2.czi", - "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_2x2_T%3D1_Z%3D4_CH%3D1.czi", - "https://zenodo.org/record/7015307/files/Z%3D5_CH%3D1.czi", - "https://zenodo.org/record/7015307/files/Z%3D5_CH%3D2.czi", - "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_T%3D3_CH%3D1.czi", + "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_2x2_CH%3D1.czi", + "https://zenodo.org/record/7015307/files/S%3D2_2x2_T%3D1_Z%3D4_CH%3D1.czi" }, new String[]{ "getPlanePositionX", "getPlanePositionY", "getStageLabelX", "getStageLabelY" }); - // - - addIgnoreRule("The shift is constant in XY. The quick start reader adds the stage location to the" + - " plane position, while the normal reader do not. One need to check of that causes an issue" + - " with the slide scanner scenes though ", IgnoreDiffExplanation.Note.SAME, + addIgnoreRule( + "Metadata missing for modulo planes", + IgnoreDiffExplanation.Note.SAME, new String[]{ - "https://zenodo.org/record/8263451/files/Demo%20LISH%204x8%2015pct%20647.czi", - "https://zenodo.org/record/8263451/files/Image_1_2023_08_18__14_32_31_964.czi" + "https://zenodo.org/record/4662053/files/2021-02-25-tulip_unprocessed-Airyscan.czi" + }, new String[]{ - "getPlanePositionX", "getPlanePositionY", "getStageLabelX", "getStageLabelY" + "getPlaneDeltaT", "getPlanePositionZ", "getPlanePositionY", "getPlanePositionX" }); - addIgnoreRule("When autostitch is false, the position in Z is null in the original reader ", IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, - new String[]{ - "https://zenodo.org/record/8263451/files/Demo%20LISH%204x8%2015pct%20647.czi", - "https://zenodo.org/record/8263451/files/Image_1_2023_08_18__14_32_31_964.czi" + + addIgnoreRule("The stage label is null in the original reader.", + IgnoreDiffExplanation.Note.BETTER, + new String[]{ + "https://zenodo.org/record/8263451/files/Image_1_2023_08_18__14_32_31_964.czi", + "https://zenodo.org/record/8263451/files/Demo%20LISH%204x8%2015pct%20647.czi" }, new String[]{ - "getStageLabelZ", "getPlanePositionZ", + "getStageLabelZ", }); - //getStageLabelZ + // getStageLabelZ + List summaryList = new ArrayList<>();